DNK mikročip
DNK mikročip (biočip) je kolekcija mikroskopskih DNK segmenata pričvršćenih za čvrstu površinu. DNK čipovi se koriste za meranje nivoa ekspresije velikog broja gena simultano ili za formiranje genotipa višestrukih regiona genoma. Svako DNK mesto sadrži nekoliko pikomola (10−12 mola) specifične DNK sekvence, poznate kao probe (ili reporteri ili oligoi). To mogu da budu kratke sekcije gena ili drugih DNK elemenata koji se koriste za hibridizaciju kDNK ili kRNK (takođe se nazivaju antisens RNK) uzoraka (ciljeva) pod strogo kontrolisanim uslovima. Hibridizacija probe i cilja se obično detektuje i kvantitativno određuje detekcijom fluoroforom, srebrom, ili hemiluminescentno obeleženih ciljeva za određivanje relativne zastupljenosti sekvence nukleinske kiseline u cilju.
Istorija уреди
Mikročip tehnologija je evoluirala iz saudern blotinga, gde se fragmentisana DNK vezuje za supstrat i zatim se testira poznatom DNK sekvencom.[1] Prva objavljena upotreba ovog pristupa je bila analiza grupe od 378 liziranih bakterijskih kolonija, svaka od kojih je sadržala različitu sekvencu. One su testirane u višestrukim replikatima za ekspresiju gena u više normalnih i tumorskih tkiva.[2] To je zatim prošireno analizom više od 4000 ljudskih sekvenci putem računarom vođenog skeniranja i analize slika za kvantitativnu analizu sekvenci u ljudskim tumorima creva i normalnim tkivima[3]. Oni su zatim poređeni sa tkivima creva sa različitim genetičkim rizikom.[4] Upotreba kolekcije distinktnih DNK uzoraka u nizu za profilisanje ekspresije je takođe opisana 1987, i DNK nizovi su korišćeni za identifikaciju gena čije izražavanje je modulisano interferonom.[5] Ti rani nizovi gena su pravljeni nanošenjem kDNK tačaka na filter papir. Upotreba minijaturnih mikročipova za profilisanje ekspresije gena je prvi put objavljena 1995,[6] i kompletni eukariotski genom (Saccharomyces cerevisiae) na mikročipu je objavljen 1997.[7]
Reference уреди
- ^ Maskos, U; Southern, EM (11. 4. 1992). „Oligonucleotide hybridizations on glass supports: a novel linker for oligonucleotide synthesis and hybridization properties of oligonucleotides synthesised in situ”. Nucleic Acids Res. Maskos U, Southern EM. 20 (7): 1679—84. PMC 312256
. PMID 1579459. doi:10.1093/nar/20.7.1679.
- ^ Augenlicht LH, Kobrin D (1982). „Cloning and screening of sequences expressed in a mouse colon tumor”. Cancer Research. 42 (3): 1088—1093. PMID 7059971.
- ^ Augenlicht; Wahrman, MZ; Halsey, H; Anderson, L; Taylor, J; Lipkin, M (1987). „Expression of cloned sequences in biopsies of human colonic tissue and in colonic carcinoma cells induced to differentiate in vitro”. Cancer Research. 47 (22): 6017—6021. PMID 3664505.
- ^ Augenlicht (1991). „Patterns of Gene Expression that Characterize the Colonic Mucosa in Patients at Genetic Risk for Colonic Cancer”. Proceedings National Academy of Sciences. USA. 88 (8): 3286—3289. doi:10.1073/pnas.88.8.3286.
- ^ Kulesh DA, Clive DR, Zarlenga DS, Greene JJ (1987). „Identification of interferon-modulated proliferation-related cDNA sequences”. Proc Natl Acad Sci USA. 84 (23): 8453—8457. PMC 299562 . PMID 2446323. doi:10.1073/pnas.84.23.8453.
- ^ Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO (1995). „Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray”. Science. 270 (5235): 467—470. PMID 7569999. doi:10.1126/science.270.5235.467.
- ^ Lashkari DA, DeRisi JL, McCusker JH, Namath AF, Gentile C, Hwang SY, Brown PO, Davis RW (1997). „Yeast microarrays for genome wide parallel genetic and gene expression analysis”. Proc Natl Acad Sci USA. 94 (24): 13057—13062. PMC 24262 . PMID 9371799. doi:10.1073/pnas.94.24.13057.
