Википедија

Nisko frekventno kolektivno kretanje u proteinima i DNK

Nisko frekventno kolektivno kretanje u proteinima i DNK je primena statističke termodinamike u izučavanju nisko frekventnih vibracija biomolekula.

Koncept nisko frekventnih fonona (ili unutrašnjeg kretanja) u proteinima je originalno predložen radi rešavanja problema deficita slobodne energije u proteinskom vezivanju. Tokom izučavanja interacija vezivanja proteina, npr. insulina i insulinskog receptora, primećeno je da primena uobičajenih komponenti promene slobodne energije, kao što su translaciona i rotaciona entropija, vodonično vezivanje, van der Valsove interakcije, i hidrofobne interakcije, ne objašnjavaju u potpunosti promenu slobodne energije reakcije. Jedan od pristupa za objašnjavanje deficita je da dolazi do dolazi do formiranja dodatnih vibracionih modova sa veoma niskim talasnim brojem u opsegu od 10–100 cm−1, koji odgovara frekventnom opsegu od 3×1011 do 3×1012 Hz.[1][2][3][4]

Nisko frekventni modovi su uočeni primenom Ramanove spektroskopije kod niza proteinskih molekula[3] i različitih tipova DNK.[5][6] Ovi rezultati su dodatno potvrđeni putem eksperimenata neutronskog rasejavanja.[7]

Reference уреди

  1. ^ Chou KC, Chen NY (1977). „The biological functions of low-frequency phonons”. Scientia Sinica. 20: 447—457. 
  2. ^ Chothia C, Janin J (1975). „Principles of protein-protein recognition”. Nature. 256 (5520): 705—8. PMID 1153006. doi:10.1038/256705a0. 
  3. ^ а б Painter PC, Mosher LE, Rhoads C (1982). „Low-frequency modes in the Raman spectra of proteins”. Biopolymers. 21 (7): 1469—72. PMID 7115900. doi:10.1002/bip.360210715. 
  4. ^ Z, Sinkala (2006). „Soliton/exciton transport in proteins”. J. Theor. Biol. 241 (4): 919—27. PMID 16516929. doi:10.1016/j.jtbi.2006.01.028. 
  5. ^ Painter PC, Mosher LE, Rhoads C (1981). „Low-frequency modes in the Raman spectrum of DNA.”. Biopolymers. 20: 243—247. doi:10.1002/bip.1981.360200119. 
  6. ^ Urabe H, Tominaga Y (1982). „Low-lying collective modes of DNA double helix by Raman spectroscopy”. Biopolymers. 21 (12): 2477—81. PMID 7150706. doi:10.1002/bip.360211212. 
  7. ^ KC, Chou (1989). „Low-frequency resonance and cooperativity of hemoglobin”. Trends Biochem. Sci. 14 (6): 212—3. PMID 2763333. doi:10.1016/0968-0004(89)90026-1. 
Преузето из „https://sr.wikipedia.org/w/index.php?title=Nisko_frekventno_kolektivno_kretanje_u_proteinima_i_DNK&oldid=26774787”