База података конзервираних домена

База података конзервираних домена (ЦДД) је база података документованих модела поравнавања вишеструких секвенци и модела изведених путем претраживања базе, за древне домене и протеине пуне дужине.[1]

ЦДД
УС-НЛМ-НЦБИ-Лого.свг
Контент
ОписБаза података конзервираних домена за функционалну анотацију протеина
Контакт
Истраживачки центарНационални центар за биотехнолошке информације
АуториAron Marchler-Bauer
Примарни цитатMarchler-Bauer & al. (2011)[1]
Датум објављивања2003
Приступ
Веб страницаncbi.nlm.nih.gov
Алати
Разно

Садржај базе податакаУреди

ЦДД садржај обухвата НЦБИ ручно обрађене моделе домена, као и моделе унесене из бројних спољашњих извора (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAM). Јединствена карактеристка НЦБИ ревидираних домена је да се користе 3Д-структурне информације да се експлицитно дефинишу границе домена, поравнају блокови, коријугу детаљи поравнавања, и пружи увид у односе секвенце, структуре и функције. Ручно третирани модели су организовани у хијерархију, кад се описују фамилије домена које имају заједничко порекло.

РеференцеУреди

  1. 1,0 1,1 Марцхлер-Бауер А, Лу С, Андерсон ЈБ, Цхитсаз Ф, Дербyсхире МК, ДеWеесе-Сцотт C, Фонг ЈХ, Геер ЛY, Геер РЦ, Гонзалес НР, Гwадз M, Хурwитз DI, Јацксон ЈД, Ке З, Ланцзyцки ЦЈ, Лу Ф, Марцхлер ГХ, Муллокандов M, Омелцхенко MV, Робертсон CL, Сонг ЈС, Тханки Н, Yамасхита РА, Зханг D, Зханг Н, Зхенг C, Брyант СХ (2011). „ЦДД: а Цонсервед Домаин Датабасе фор тхе фунцтионал аннотатион оф протеинс”. Нуцлеиц Ацидс Рес. 39 (Датабасе иссуе): Д225—9. ПМЦ 3013737 . ПМИД 21109532. дои:10.1093/нар/гкq1189. 

Спољашње везеУреди