Друга лига Црне Горе У сезони 2016/17 је било једанаесто по реду такмичење организовано од стране фудбалског савеза Црне Горе од оснивања 2006. и то је други степен такмичења у Црној Гори.
Формат такмичења у Другој лиги у сезони 2016/17. остао је исти као и претходних година, игра се трокружним системом, свако са сваким кући и на страни по једном, док се распоред за трећи круг одређује на основу позиција на табели након прва два круга. На крају сезоне, побједник Друге лиге ће изборити пласман у Прву лигу за сезону 2016/17, док ће другопласирана и трећепласирана екипа играти у баражу са осмопласираном и деветопласираном екипом из Прве лиге на крају сезоне 2016/17, због скраћивања Прве лиге на 10 клубова, задња три клуба директно испадају у Другу лигу, док ће осмопласирана и деветопласирана екипа играти бараж за опстанак.[4][5] На крају сезоне, из лиге испадају три последњепласирана клуба.
Сезона је почела 14 августа 2016. Након 13 одиграних кола, ФК Графичар, због недостатка финансијских средстава, није могао да организује двије утакмице и, према правилима фудбалског савеза Црне Горе, Графичар је искључен из Друге лиге. Такође, све утакмице које је одиграо Графичар су поништене.[6] Комисија за такмичење фудбалског савеза Црне Горе, на сједници одржаној 18. новембра 2016. искључила је ФК Графичар из Друге лиге Црне Горе.[7]
У оквиру 18 кола Друге лиге, све утакмице су завршене резултатом 0:0.[8]
Сезона је завршена 27. маја 2017, титулу и пласман у Прву лигу освојио је Ком.[9]
Након завршетка првенства другопласирана екипа из Друге лиге играла је са деветопласираном екипом из Прве лиге за мјесто у Првој лиги у сезони 2017/18. Исто тако су играли и трећепласирани из Друге лиге против осмопласираног из Прве лиге. Побједници ових сусрета изборили су пласман у Прву лигу за сезону 2017/18, а поражени ће играти у Другој лиги Црне Горе.
Трећа лига Црне Горе подијељена је на три регије (Јужну, Сјеверну и Средњу). Након завршеног лигашког дијела у регијама, прваци играју међусобно по систему свако са сваким два пута (кући и на страни), најбоља екипа ће изборити пласман у Другу лигу Црне Горе, док ће друге двије и наредне сезоне играти у Трећој лиги, у својој регији.
У Друга лигу 2017/18. пласирала се екипа Младост Љешкопоље из Подгорице. Све три екипе завршиле су бараж са истим бројем бодова, али се Младост пласирала у Другу лигу због најбоље гол разлике.[45]
^Меч између Челика и Језера није одигран јер се домаћи тим није појавио, регистровно је службеним резултатом 0:3
^Меч између Морнара и Радничког прекинут је у 31 минуту при резулту 6:1, јер је Раднички на утакмицу допутовао са 8 фудбалера, а након повреде једног од њих, судија је прекинуо утакмицу.
^Беранама су одузета три бода због ненаступања омладинског тима на утакмици првог кола омладинске лиге против Грбља.
^Челику је прво одузет бод због ненаступања на утакмици првог кола против Језера, а затим су им одузета три бода због ненаступања омладинског тима на утакмици првог кола омладинске лиге против Младости.
^Отранту је одузет бод због наступа Јока Јабучанина на мечу 16. кола против Ибра, Јабучанин није имао право наступа.