Po predanju, vulkan je nastao usled zemljotresa koji se dogodio 286. p. n. e. Starost FudžijaFuđija je osporavana, ali pretpostavlja se da je formiran u periodu [[kvartar]]a, sa začetkom temelja u periodu [[tercijar]]a.<ref name="britannica"/> Prve erupcije i prvi vrhovi pojavili su se pre 600.000 godina. Iako izgleda da je u pitanju jednostavan vulkan u obliku kupe, FudžiFuđi zapravo čine tri odvojena vulkana — Komitake, Ko FudžiFuđi i Šin FudžiFuđi. Najmlađi, Šin FudžiFuđi (''Novi FudžiFuđi''), prvu erupciju imao je pre oko 10.000 godina i od tada nastavio da tinja uz povremene [[Erupcija|erupcije]]. Tokom [[milenijum]]a, [[lava]] i ostale izlučevine iz ovog vulkana prekrile su druga dva, povećavši nagib do sadašnjeg rastegljivog obima, što je planini dalo današnji [[Konvergencija|konvergentni oblik]].<ref name="britannica"/>
=== Erupcije===
Rast mlađeg vulkana FudžiFuđi započeo je izbacivanjem velike količine lave pre 11.000 do 8.000 godina, računato prema 4/5 zapremine mlađeg vulkana. Manje eksplozivne erupcije bile su karakteristične za period pre 8.000 do 4.500 godina, uz period velikog isticanja lave pre 4.500 do 3.000 godina. Zatim je došlo do pojave povremenih velikih eksplozivnih erupcija, sa manjim isticanjima lave i [[Piroklastični potok|piroklastičnim potocima]]. Vrhunac erupcija dogodio se pre 3.000 do 2.000 godina, nakon čega su se aktivirali otvori na bočnim stranama. Široke bujice [[bazalt]]ne lave potekle su sa vrha a neki od preko 100 otvora na bočnim stranama blokirali su prelivanje prema tercijarnim Misaka planinama na severnoj strani vulkana, formirajući [[pet jezera FudžijaFuđija]], danas popularnih izletišta. Poslednja potvrđena erupcija, ovog pretežno bazaltnog vulkana dogodila se 1707. i bila je najveća od svih prethodnih. Prekrila je [[Edo]] (Tokio) pepelom i formirala veliki novi krater na istočnoj strani.<ref name="gvp">[http://www.volcano.si.edu/world/volcano.cfm?vnum=0803-03= -{Global Volcanism Program/Fuji}-]</ref>
