Смрт Јакова Свердлова је тајанствена. Постоје различите верзије. По једној, Јаков је умро од [[шпанскишпанска грипгрозница|шпанског грипа]], који је избио након [[Први светски рат|Првог светског рата]] и усмртио много људи широм Европе. По другој верзији, Јакова је убио неки радник приликом његове посјете у фабрици Морозов у [[Москва|Москви]] 16. марта [[1919]]. године. Присталице те теорије виде завјеру у врху бољшевика где се водио бој за власт. Слична жртва је постао [[Лав Троцки]] и наводно [[Михаил Фрунзе]].
По Јакову Свердлову био је назван и Свердловск, данашњи [[Јекатеринбург]].
