Proteinska banka podataka — разлика између измена

PDB je ključni resurs u [[strukturna biologija|strukturno biološkim]] oblastima, poput [[strukturna genomika|strukturne genomike]]. Većina vodećih naučnih časopisa, i pojedine agencije za finansiranje, kao što je [[NIH]] u [[Сједињене Америчке Државе|SAD]], zahtevaju od istraživača da unesu njihove strukturne podatke u PDB. PDB sadržaj se smatra primarnim podacima, i postoje stotine izvedenih baza podataka koje kategorizuju podatke na razne načine. Na primer, [[Strukturna klasifikacija proteina|-{SCOP}-]] i -{[[CATH]]}- kategorizuju strukture na osnovu strukturno tipa i pretpostavljenih evolucionih odnosa; a [[Ontologija gena|-{GO}-]] kategorizuje strukture na osnovu [[gen]]a.<ref name = "Historical">{{cite journal | first = H. M. | last = Berman | authorlink = | coauthors = | year = 2008 | month = January | date = | title = The Protein Data Bank: a historical perspective | quotes = | pmid = 18156675| journal = Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography | volume = A64 | issue = 1 | pages = 88–95 | doi = 10.1107/S0108767307035623 | id = | url = http://journals.iucr.org/a/issues/2008/01/00/sc5004/sc5004.pdf |pages=88–95}}</ref>

PDB je formiran [[1971]]. godine<ref name=Historical/>. Njen osnivač je Valter Hamilton sa [[Brukhaven nacionalna laboratorija|Brukhaven nacionalne laboratorije]]. Nakon Hamiltonove smrti [[1973]], Tom Koeztle je preuzeo nadzor nad PDB-om. [[Januar]]a [[1994]], Joel Susman je bio imenovan za PDB rukovodioca. [[Oktobar|Oktobra]] [[1998]],<ref>{{cite journal |pmid=10592235 |pmc=102472 | first = H. M. | last = Berman | authorlink = | coauthors = et al. | year = 2000 | month = January | date = | title = The Protein Data Bank | quotes = | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 28 | issue = 1 | pages = 235–242 | doi = 10.1093/nar/28.1.235 | id = | url = http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/28/1/235 |pages=235–242}}</ref> PDB je transformisan u '''RCSB''' ({{jez-eng-lat|Research Collaboratory for Structural Bioinformatics}}) <ref>{{cite web |url=http://home.rcsb.org/ |title=Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)}}</ref>. Transfer je završen juna [[1999]]. Novi direktor je bila Helen M. Berman sa [[Rutgers univerzitet]]a (jednog od RCSB institucija članica).<ref>{{cite web |title=RCSB PDB Newsletter Archive |publisher=RCSB Protein Data Bank |url=http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/news_publications/newsletters/newsletter.html}}</ref> [[2003]] sa [[Svetska proteinska baza podataka|-{'''wwPDB'''}-]] formiranjem, PDB je postao internacionalna organizacija. Svaki od četiri -{wwPDB}- člana dejstvuje kao centar za depoziciju, obradu i distribuciju PDB podataka. Obrada podataka se odnosi na činjenicu da -{wwPDB}- osoblje pregleda i anotira svaki podneti upis. Nakon toka se verodostojnost podataka se proverava. Izvorni kod tog softvera za validaciju je javno dostupan.<ref name="urlPDB Validation Suite">{{cite web |url=http://sw-tools.pdb.org/apps/VAL/index.html |title=PDB Validation Suite |author= |authorlink= |coauthors= |date= |format= |work= |publisher= |pages= |language= |archiveurl= |archivedate= |quote= |accessdate=}}</ref>

PDB baza podataka se ažurira sedmično (utorkom). U septembru [[2010]] PDB je imao sledeći sadržaj<ref name="urlRCSB Protein Data Bank - Holdings Report">{{cite web |url=http://www.rcsb.org/pdb/statistics/holdings.do |title=RCSB Protein Data Bank - Holdings Report |author= |authorlink= |coauthors= |date= |format= |work= |publisher= |pages= |language= |archiveurl= |archivedate= |quote= |accessdate=}}</ref>:

Fajl format koji je PDB inicijalno koristio se zove [[Proteinska banka podataka (fajl format)|PDB fajl format]]. Taj originalni format je bio ograničen širinom računarskih bušenih karti na 80 slova po liniji. "Makromolekularni [[kristalografski informacioni fajl]]" format, -{mmCIF}-, je počeo da se primenjuje [[1996]]. godine,. -{XML}- verzija ovog formata, zvana -{PDBML}-, se pojavila [[2005]]. godine.<ref>{{cite journal | first = J. | last = Westbrook | coauthors = et al. | year = 2005 | title = PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML | journal = Bioinformatics | volume = 21 | issue = 7 | pages = 988–992 | doi = 10.1093/bioinformatics/bti082 | url = http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/21/7/988.pdf | pmid = 15509603 |pages=988–992 }}</ref>

== LiteraturaРеференце ==