Званично је успостављена уручивањем ''Томоса о црквеној аутономији за Православну охридску архиепископију'' од стране поглавара Пећке патријаршије, [[Патријарх српски Павле|патријарха српског Павла]] дана [[21. мај|21]]/[[11. мај]]а [[2005]]. године.
Епископија преспансковелешко-пелагонијскаповардарска је једина канонска наследница старе православне епархије са средиштем у Велесу, која је постојала као посебна епархија све до 1873. године, када је спајањем две епархије, [[Велешка епархија|Велешке]] и [[дебарска епархија|Дебарске]], извршено стварање нове [[Велешко-дебарска епархија|Велешко-дебарске епархије]]. Ова епархија је постојала све до [[1920]]. године, када је након прикључена [[Српска православна црква|Српској православној цркви]] раздељена на суседне епархије, тако да је [[Велес (град)|Велес]] потпао под [[Митрополија скопска|Скопску]], а [[Дебар]] под [[Охридска епархија|Охридску епархију]]. Од 1967. до 2002. године, ово подручје налазило се у расколу.
