Према неким подацима, црква потиче још из 14. века. Међутим, на основу архитектуре и димензије исте, много је вероватније да је црква саграђена током 16. века.<ref name="драгутинђорђевић">{{cite book|last=Ђорђевић|first=Драгутин|last=Ђорђевић|title=Чланак о Бошњачкој цркви|year=1965.|publisher=Весник Савеза удружења православних свештеника СФРЈ|location=Лесковац}}</ref> Бошњачка црква је заједно са околним становништвом страдала у време [[Аустријско-турски рат (1716—1718)|другог аустријско-турског рата]], када је под [[Арсеније IV Шакабента|Арсенијем IV Шакабентом]] избегао и други контингент Срба који је био компромитован учешћем у том рату, а Арнаути почели да наваљују у жупне крајеве Јабланице и Пусте Реке и да потискују заостало становништво. Почетком 19. века, цркву у Бошњацу обновио је [[Цветко Врановачки]], вођа јабланичких устаника у Првом српском устанку. Међутим, она у то време није остала поштеђена, већ је спаљена, па је тада изгорео и њен иконостас. Обновљена је још једном након 11 година, али је опет страдала 1841. године, када је у околини Лесковца буктала нишко-лесковачка буна. Црква је убрзо након тога поново обновљена и настављена је служба у њој. Том приликом је њен западни трем претворен у припрату, а са јужне стране додат нови трем.<ref name="драгољубтрајковић">{{cite book|last=Трајковић|first=Драгољуб|last=Трајковић|title=Из прошлости Лесковца и околине|year=1977.|publisher=Народни музеј|location=Лесковац|editor=Хранислав Ракић}}</ref>
