Црна Гора је, у [[Квалификације за Светско првенство у рукомету 2009.|баражу за Свјетско првенство 2009]], играла двомеч против [[Рукометна репрезентација Румуније|Румуније]]. Након побједе у првој утакмици (31—27), услиједио је болан пораз (24—29) који је значио да се ''Црвени'' неће наћи на завршној смотри. Ни Муратовићев уобичајено висок ниво (13 голова, 2 утакмице) није био довољан за пролаз.
Испоставило се да су ово, сасвим непланирано, биле посљедње утакмице Алена Муратовића у дресу репрезентације Црне Горе. ПовредаПовлачење којаиз ганационалног тима је задесилаобјавио у јануаруновембру [[20092008]]., омеласвега гадва јемјесеца уприје намјериповреде дакоја предводиће ''Црвене''му ускратити нареднимиграчку годинамакаријеру.<ref name="autogenerated3">{{cite web|url=http://www.b92.net/sport/vesti.php?yyyy=2008&mm=11&dd=15&nav_id=329034 |title=Ален Муратовић напустио репрезентацију Црне Горе|publisher=b92|accessdate=20.3.2017}}</ref>
Укупно, одиграо је 16 званичних утакмица и постигао 88 голова.<ref name="autogenerated3autogenerated4">{{cite web|url=http://www.eurohandball.com/ech/men/2018/teams/011315/Montenegro|title=Црногорска репрезентација на званичним утакмицама|publisher=EHF|accessdate=20.3.2017}}</ref>
