Атанасије је рођен у Руми 1773. године, гдеод оца Јована Стојковића и мајке Ане Гроздић. У родном месту је пошао у школу и после основне, завршиобио средњује „граматикалнупослат латинскуда школу”учи кожарски трговачки занат у Пешти. Оданде 1787. године побегне и постаосмести се код неког унијатског свештеника у Трнави (Словачкој), и певао у цркви. После смрти Словака 1789. године вратио се кући, где га је чекала мајка удовица. Прихватио га је земљомер Рајић у Илоку за практиканта, који је радио на изради земљишњих књига. Млади Стојковић се затим вратио у Руму и прихватио да буде српски народни [[учитељ]]. НезадовољанАли звањемсептембра учитеља1793. наставиогодине уз подршку пријатеља, кренуо је школовањена више школе. После приватног припремања, завршио је средњу „граматикалну латинску школу” у [[Шопрон|Шопрону]]у, а затим и логику у [[Сегедин|сегединском]]у,аЛицеју. [[Школске 1795/1796]]. године учиослушао праваје физику у [[БратиславаПожун|Пожуну]], даали бидо маета 1797. године посветио се ту и учењу права. Намеравао је да (по добијању стипендије) настави студије у Саксонији. У међувремену бавио се пола године у Бечу, учећи аустријско право и грчки језик. Затим је отишао у [[Гетинген]] на студије природних наука, где је [[1799]]. године стекао звање доктора филозофије, и постао први [[Срби]]н који је докторирао на том универзитету <ref>После [http://www.rastko.rs/filosofija/jbalevic/bbalevic-religija_c.html Бојана Јована Стефановића Балевића који је докторирао] у [[Хале]]у [[1752]]. године, Атанасије Стојковић је био други Србин са докторском титулом уопште.</ref> и члан Гетингенског и [[Јена|Јенског]] ученог друштва. На наговор [[Доситеј Обрадовић|Доситеја Обрадовића]] од 1801. до 1803. у Будиму је писао књигу ''"Фисика, простим језиком списана за род славено-сербскиј"'' у три тома, која је прво такво дело на српском језику, и обухвата не само физику већ и метеорологију, астрономију, минерологију па чак и ботанику и зоологију. Овим се Стојковић сврстао у ред српских просветитеља, уз Доситеја и [[Павле Соларић|Павла Соларића]].
Захваљујући свом образовном раду, [[1803]]. године био је позван за првог редовног професора на новоотворени универзитет у [[Харков]]у. Он је био један од учених Срба које је царска Русија позвала да буду професори на том универзитету, уз [[Глигорије Трлајић|Глигорија Трлајића]], [[Сава Петровић|Саву Петровића]], [[Ђорђе Коритар|Ђорђа Коритара]]. Прво је предавао на катедри теоријске и експерименталне физике, али је убрзо постао декан одељења физичких и математичких наука. Стојковић је касније постао и ректор и оснивач харковског Ученог друштва.
