Највећи успех ФК Вардар је имао у сезони [[1987]]/[[1988|88.]]. када су га предводили [[Дарко Панчев]] и [[Илија Најдоски]]. Тада је освојио [[Првенство Југославије у фудбалу|Прву савезну лигу СФРЈ]], али је касније та титула враћена [[ФК Партизан|Партизану]]. По распаду Југославије Вардар се налази у [[Прва лига Македоније у фудбалу|Првој македонској лиги]], до сезоне 2010/11 када је првобитно требало да испадне у [[Друга лига Македоније у фудбалу|Другу македонску лиги]], али пошто клубу [[ФК Миравци|Миравци]] који је био победник баража за попуну Прве лиге није била дата лиценца за Прву лигу, Вардар је остао у елитном рангу.
