Вратио се у [[Призрен]], где је именован за рускога конзула 1. јула [[1879]].<ref name="МС"/> Јастребов је 1879. године дошао у Призрен. Краће време је био конзул у [[Јањина|Јањини]] од 6. септембра 1880. до 20. фебруара [[1881]]. године, када се вратио као руски конзул у Призрен и остао је у Призрену све до марта [[1886]]. године.<ref name="МС"/> Својом дипломатском активношћу штитио је Србе на Косову и Метохији, настојећи да спречи њихово исељавање и десрбизацију.<ref name="МС"/> Има заслуга за оснивање и опстанак Призренске богословије.<ref name="МС"/> (Турске власти су планирале затварање Богословије. То су планирали правдати спорним књигама у књижници Богословије, које из Србије долазе преко руског конзулата. [[Иван Јастребов]] је то спречио јер је на листу хартије на турском написао: ''У име руског цара забрањујем улазак'' и то поставио на улаз књижнице. Тако је Богословија сачувана од затварања, ауторитетом руског цара и довитљивошћу Јастребова. <ref>{{Cite book|last= Јастребов |first= Иван |authorlink= |coauthors= |title= Стара Србија и Албанија, pp. 12 |year= 2018 |url= |publisher= Службени гласник |location= Београд |id= }}</ref>) Као руски конзул путовао је по угроженим местима на [[Косово и Метохија|Косову и Метохији]] и био је сведок страдања српског народа, посебно за време активности [[Призренска лига|Призренске лиге]]. Призренска лига је била у суштини заснована на идеји [[Велика Албанија|Велике Албаније]], занемарујући права Срба, Словена и Грка. Агресивни противсрпски програм Призренске лиге трајно је оптеретио односе између Срба и Албанаца. Јастребов је у то тешко време спасавао отете девојке, бранио [[Призренска богословија|Призренску богословију]] са револвером у руци, спашавао је људе пред руљом итд. Посредовао је између српске владе и Призренске богословије, па су преко њега ишла средства намењена школи, уџбеници и школски прибор.<ref name="МС"/> У кризним временима и сам је богословији посуђивао новац и поклањао књиге. Увиђао је значај постојања Библиотеке Призренске богословије, залагао се за њен опстанак и развој и био је један од њених првих дародаваца. Сваку књигу коју је прочитао, која му је користила у његовом научном раду, поклањао је Библиотеци са посветом ''Призренској семинарији - Јастребов.''<ref>{{cite book|last1=Бован|first1=Владимир|title=Призренска богословија|date=2007.|location=Ниш|page=160}}</ref><ref name="савић књига">{{cite book|last1=Савић|first1=Ана|title=Библиотека Призренске богословије - задужбина Симе Андрејевића Игуманова : (1872-2012)|date=2013.|publisher=Народна библиотека Србије|location=Београд|page=40-41}}</ref>
Марта 1886. године Јастребов премештен је из Призрена за генералног руског конзула у [[Солун]]у.
