С-400 поседује посебан систем против-ваздушнепротивваздушне одбране назван [[42С6 Морфеј]] (рус:''Морфей,eng:Morfey'') са ракетама 9M338K or РЗВ-МД, базиран и потиче са система [[Тор-М2]], овај заштитни систем користи такође један од новијих против ваздушни и против ракетни ситем 50Р6 [[С-350|С-350 Витез]] (рус:50Р6 С-350 Витязь,eng:50R6 S-350 Vityaz) који је још увек у развоју. Морфеј користи активно електорнско скенирање. Систем је такође развио Алмаз-Антеј. Овај систем се састоји од радара 29YA6, инфра црвеним сензорима као и са 36 ракета домета до 10 km по даљини и 3,5 km по висини.
