Smit-Vatermanov algoritam — разлика између измена
Садржај обрисан Садржај додат
м sablon cinjenica; козметичке измене |
м standardizacija; козметичке измене |
||
Ред 1:
'''Smit-Vatermanov algoritam''' ({{јез-енгл|Smith-Waterman}}) izvodi lokalno [[poravnavanje sekvenci]]; to jest, služi za određivanje sličnih oblasti između nizova [[sekvenca nukleinskih kiselina|nukleotida]] ili nizova proteina. Umesto pretrage totalnog niza, Smit-Vatermanov algoritam poredi segmente svih mogućih dužina i [[Optimizacija (matematika)|optimizuje]] sličnu meru.
== Pozadina ==
Ред 71:
U primeru, najveća vrednost odgovara ćeliji pozicije (8,8). Kretanje nazad odgovara (8,8), (7,7), (7,6), (6,5), (5,4), (4,3), (3,2), (2,1), (1,1), i (0,0).
Jednom kad završimo, rekonstruišemo svrstavanje na sledeći način: počinjemo od poslednje vrednosti, dostižemo (i, j) koristeći prethodno izračunatu putanju. Dijagonalan skok podrazumeva da postoji svrstavanje (bilo da se poklapa ili ne). Skok odozgo na dole podrazumeva brisanje. Skok s desna na levo podrazumeva ubacivanje.
Na primer, dobijamo:
Sekvenca 1 = A-CACACTA
Ред 115:
== Ćelija širokopojasne mašine ==
2008. godine, Farrar je opisao port Striped Smit–Vaterman na Ćeliji Sirokopojasnog Motora i prijavio brzine od 32 i 12 GCUPS na IBM QS20 blade i Sony [[
== Vidi još ==
| |||