Првих десет година своје позоришне каријере Наташа је провела у [[Народно позориште у Београду|Народном позоришту]] у Београду, играјући већином у класичним комадима, попут ''Укроћене горопади'', ''Мандрагола'', ''Идиота'', ''Дон Жуана'' и других. Матична кућа јој већ 1997. године уручује двоструку ''Годишњу награду'', за представе ''Мајстори'' и ''Сан летње ноћи''. За потоњу је добила још и [[Статуета ћуран|Златног ћурана]] на [[Дани комедије|Данима комедије]] у [[Јагодина|Јагодини]]. Већ наредне године за улогу у представи ''-{Tre sorelle}-'' добија ''Награду за глуму'' на [[Борини позоришни дани|Бориним позоришним данима]] у [[Врање|Врању]], а затим за комедију ''Лажа и паралажа'' ''Награду публике'' на [[Фестивал Миливоје Живановић|Фестивалу Миливоје„Миливоје ЖивановићЖивановић”]] у [[Пожаревац|Пожаревцу]] и ''Награду за најбоље глумачко остварење'' на [[Нушићеви дани|Нушићевим данима]] у [[Смедерево|Смедереву]]. Године 2006. тумачи лик Велике у представи ''Трансилванија'', и добија ''Годишњу награду'' [[Београдско драмско позориште|Београдског драмског позоришта]].<ref>{{Cite web|url= http://www.pozorje.org.rs/stari-sajt/godisnjak28.pdf|title= Годишњак позоришта Србије 2005/2006.|last=Леваков|first=Биљана|last2=Керенац|first2=Весна|date=2007|accessdate=24. фебруар 2021.|publisher=[[Стеријино позорје]]|p=199}}</ref><ref name="Никад нисам одбила Оливера Стоуна">{{cite web |title=Никад нисам одбила Оливера Стоуна |url= https://www.ekapija.com/people/95402/natasa-ninkovic-glumica-nikada-nisam-odbila-olivera-stouna |website=Е капија |accessdate=21. фебруар 2021.}}</ref>
Између осталих, Наташа је играла и у продукцијама ''Дервиш и смрт'', ''Мачка на усијаном лименом крову'', ''Чудо у Шаргану'', ''Нечиста крв'' и другима. За улогу Хеде у представи ''Хеда Габлер'', редитељке Снежане Тришић, Нинковићева је 2011. овенчана [[Награда „РашаРаша Плаовић”Плаовић|Наградом „Раша Плаовић”]],<ref>{{cite web |title=„Раша Плаовић” Наташи Нинковић|url= https://www.novosti.rs/вести/култура.487.html:353669-Natasi-Ninkovic-nagrada-Rasa-Plaovic |website=Новости |accessdate=24. фебруар 2021.}}</ref> док је на [[Жанкини дани|11. Жанкиним данима]] за улогу у дуодрами ''Љубавна писма'' добила плакету „Жанки у част”.<ref>{{cite web |title=„Жанки у част” Наташи Нинковић|url= https://www.narodnopozoriste.rs/sr/vesti/natasi-ninkovic-nagrada-za-najbolju-ulogu-na-svecanostima-zanki-u-cast |website=Народно позориште |accessdate=24. фебруар 2021.}}</ref> Изузетан публицитет имала је и њена ''Госпођица'', — продукција [[Југословенско драмско позориште|Југословенског драмског позоришта]] из 2013. године. <ref>{{cite web |title=100. извођење „Госпођице”|url= https://www.telegraf.rs/pop-i-kultura/pozoriste/3072686-100-izvodjenje-predstave-gospodjica-natasa-ninkovic-u-ulozi-rajke-ne-prestaje-da-fascinira-publiku |website=Телеграф |accessdate=24. фебруар 2021.}}</ref>
