Proteinska banka podataka — разлика између измена
Садржај обрисан Садржај додат
мНема описа измене |
мНема описа измене |
||
Ред 1:
'''Proteinska banka podataka''', ({{jez-eng-lat|Protein Data Bank}}, '''PDB'''), je kolekcija 3D strukturnih podataka velikih bioloških molekula, kao što su [[protein]]i i [[nukleinska kiselina|nukleinske kiseline]]. Podaci su tipično dobijeni [[Rendgenska strukturna analiza|rendgenskom strukturnom analizom]] ili [[Proteinska nuklearno magnetska rezonantna spektroskopija|NMR spektroskopijom]]. [[biologija|Biolozi]] i [[biohemija|biohemičari]] iz celog sveta doprinose stvaranju ove kolekcije. PDB je slobodno dostupan na Internetu. PDB nadzire organizacija pod nazivom ''Svetska proteinska banka podataka'' ({{jez-eng-lat|Worldwide Protein Data Bank}}, -{'''wwPDB'''}-).
PDB je ključni resurs u [[strukturna biologija|strukturno biološkim]] oblastima, poput [[strukturna genomika|strukturne genomike]]. Većina vodećih naučnih časopisa, i pojedine agencije za finansiranje, kao što je [[NIH]] u [[SAD]], zahtevaju od istraživača da unesu njihove strukturne podatke u PDB. PDB sadržaj se smatra primarnim podacima, i postoje stotine izvedenih baza podataka koje kategorizuju podatke na razne načine. Na primer, [[Strukturna klasifikacija proteina|-{SCOP}-]] i
==Istorija==
PDB je formiran [[1971]]. godine<ref name=Historical/>. Njen osnivač je Valter Hamilton sa [[Brukhaven nacionalna laboratorija|Brukhaven nacionalne laboratorije]]. Nakon Hamiltonove smrti [[1973]], Tom Koeztle je preuzeo PDB nadzor. Januara [[1994]], Joel Susman je bio imenovan za PDB rukovodioca. Oktobra [[1998]],<ref>{{cite journal |pmid=10592235 |pmc=102472
| first = H. M. | last = Berman | authorlink = | coauthors = et al. | year = 2000 | month = January | date = | title = The Protein Data Bank | quotes = | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 28 | issue = 1 | pages = 235–242 | doi = 10.1093/nar/28.1.235 | id = | url = http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/28/1/235 }}</ref> PDB je transformisana u RCSB ({{jez-eng-lat|Research Collaboratory for Structural Bioinformatics}}) <ref>{{cite web |url=http://home.rcsb.org/ |title=Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)}}</ref>. Transfer je završen juna [[1999]]. Novi direktor je bila Helen M. Berman sa [[Rutgers univerzitet]]a (jednog od RCSB učlanjenih institucija).<ref>{{cite web |title=RCSB PDB Newsletter Archive |publisher=RCSB Protein Data Bank |url=http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/news_publications/newsletters/newsletter.html}}</ref> [[2003]] sa formiranjem wwPDB, PDB je postao internacionalna organizacija. Svaki od četiri [[Svetska proteinska baza podataka|wwPDB]] člana dejstvuje kao centar za depoziciju, obradu podataka i distribuciju PDB podataka. Obrada podataka se odnosi na činjenicu da wwPDB osoblje pregleda i anotira svaki podneti upis. Nakon toka se verodostojnost podataka se proverava. Izvorni kod tog softvera za validaciju je javno dostupan.<ref name="urlPDB Validation Suite">{{cite web |url=http://sw-tools.pdb.org/apps/VAL/index.html |title=PDB Validation Suite |author= |authorlink= |coauthors= |date= |format= |work= |publisher= |pages= |language= |archiveurl= |archivedate= |quote= |accessdate=}}</ref>
| |||