Fajl format koji je PDB inicijalno koristio se zvaozove [[Protein Data Bank (fajl format)|PDB fajl format]]. Taj originalni format je bio ograničen širinom računarskiračunarskih bušenih karti na 80 slova po liniji. [[1996]]. godine, "makromolekularni [[kristalografski informacioni fajl]]" format, -{mmCIF}-, je počeo da se primenjuje. -{XML}- verzija ovog formata, zvana -{PDBML}-, se pojavila [[2005]]. godine.<ref>{{cite journal | first = J. | last = Westbrook | coauthors = et al. | year = 2005 | title = PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML | journal = Bioinformatics | volume = 21 | issue = 7 | pages = 988–992 | doi = 10.1093/bioinformatics/bti082 | url = http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/21/7/988.pdf | pmid = 15509603 }}</ref>
