Био је оргуљаш, прво у Хелсингборгу од 1657. до 1658, затим у [[Елсинор]]у од [[1660]]. до [[1668]]., те на крају у цркви Св. Марије у Либеку од 1668. Његова служба у слободном царском граду Либеку пружила му је знатну слободу у музичкој каријери и његова аутономија била је узором каријерама мајсторима каснијег барока као што су [[Георг Фридрих Хендл]], [[Јохан Матесон]], [[Георг Филип Телеман]] и [[Јохан Себастијан Бах]]. 1673. године организовао је серијал вечерњих музичких концерата познатих као ''Абендмузик'', које су привлачиле музичаре из удаљених крајева, а остали су у традицији цркве до 1810. 1703. године Хендл и Матесон заједно долазе упознати Букстехуде који је тада већ био стар и спремао се за мировину. Понудио им је своје место оргуљаша под условом да онај ко прихвати ожени његову најстарију кћи Ану Маргарету. Обојица су понуду одбили и отишли дан након доласка. 1705. године, Ј. С. Бах, тада младић од 20 година препешачио је више од 400 километара од Арнштата до Либека и тамо остао готово три месеца како би чуо Абендмузик, упознао знаменитог оргуљаша, чуо га како свира, и како је Бах објаснио: „како би схватио пар ствари о његовом умијећу“.
