Претпоставља се да је Јован био син војсковође Василија Ватаца и неке рођаке царева [[Исак II Анђео|Исака -{II}-]] (прва влада [[1185]] — [[1195]]1185—1195, друга влада [[1203]] — [[1204]]1203—1204) и [[Алексије III Анђео|Алексија -{III}-]] ([[1195]] — [[1203]]). Он се [[1212]]. године оженио Ирином Ласкарис, ћерком никејског цара Теодора Ласкариса који га је одредио за свог наследника. Са њом је имао једног сина [[Теодор II Ласкарис|Теодора (-{II}-)]] који га је наследио. После Иринине смрти [[1239]]. године се оженио по други пут Констанцом, ванбрачном ћерком Фридриха -{II}- са којом није имао деце.
