Развој ситуације на [[Балканско полуострво|Балканском полуострву]] после [[Косовска битка|Косовског боја]] [[15. јун|15.06.]] [[1389]]. године и долазак [[Бајазит I|Бајазита -{I}-]] ([[1389]] — [[1402]]) на власт, довели су до новог притиска на Византију. Нови султан је свог противника решио да ослаби подстицањем Јована на побуну против његовог деде и имењака који је владао ''Царством''. Уз помоћ [[Османлије|османлијских]] снага, подршку дела [[Властелаплемство|властеле]] и права [[Примогенитура|примогенитуре]], он је [[14. април|14.04.]] [[1390]]. године преузео контролу над Цариградом и прогласио се царем. Његова узурпација престола и јасна Бајазитова подршка, тумачени су на ''Западу'' као увод у османлијско заузеће Цариграда, о чему сведочи и чињеница да је [[Млетачки сенат]] у то доба својој делегацији коју је упућивао у Цариград дао посебне инструкције, за случај да у доба када они пристигну до ''Царице свих Градова'' на [[Златни рог|Златном рогу]] буде владао Бајазит. Међутим, као и приликом свргавања његовог оца, поново је на сцену ступио његов стриц Манојло (-{II}-) који је пред Јованом побегао на [[Лимнос|Лемнос]]. Он је два пута неуспешно покушао да продре у град, да би му [[17. септембар|17.09.]] [[1390]]. године то и успело, чиме је Јован V по четврти пут враћен на престо.
