Кодон је потпуно дефинисан у зависнотизависности од тога где ме је почетна позиција. На пример, дата је следећа секвенца 5'- GGGAAACCC -3'. Ако почнемо да читамо са првог G на левој страни, онда се секвенца састоји од кодона GGG, AAA и CCC. Ако почнемо да читамо са другог G на десно, онда се секвенца састоји од GGA и AAC (у овом примеру игноришемо два последња нуклеотида, јер чине непотпун кодон). Ако кренемо да читамо од трећег G на десно, онда се секвенца састоји од GAA и ACC. Тако да дата секвенца може да буде читана на три различита начина, и свака од ова три начина може драстично да промени ток синтезе протеина, јер ова три горе поменута начина читања производе потпуно различите амино киселине. У овом примеру прво читање је произвело амино киселине Gly-Lys-Pro, друго читање Gly-Asp, и треће је Glu-Thr.
Начин на који се овај проблем решава је помоћу јасног деифнисања где је старт кодон. Тако да обично прво појављивање AUG секвенце у молекулу [[РНК]] се узима као старт кодон. [[Мутација|Мутације]] и грешке приликом ДНК репликације могу знатно да утичу или чак потпуно униште функцију протеина.
