Рфам
Рфам је база података која садржи информације о фамилијама некодирајућих РНК (нцРНК) и других структурних РНК елемената. Она је анотирана база података отвореног приступа коју је оригинално развио Wеллцоме Труст Сангер Институте у колаборацији са Јанелиа Фарм,[1][2][3][4] и коју тренутно одржава Европски биоинформатички институт.[5] Рфам је дизајнирана на сличан начин са Пфам базом података за анотацију протеинских фамилија.
| Контент | |
|---|---|
| Опис | Рфам база података садржи моделе поравнања, консензусних секундарнних структура и коваријанси РНК фамилија. |
| Типови података | РНК фамилије |
| Организам | сви |
| Контакт | |
| Истраживачки центар | ЕБИ |
| Примарни цитат | PMID 23125362 |
| Приступ | |
| Формат података | Стокхолмски формат |
| Веб страница | Рфам |
| URL за преузимање | Рфам фтп |
| Алати | |
| Разно | |
| Лиценца | Јавно власништво |
| Обележавајућа етикета | yес |
За разлику од протеина, нцРНК секвенце често имају сличне секундарне структуре, мада њихове примарне структуре нису сличне. Рфам дели нцРНК секвенце у фамилије на бази еволуције из заједничлиг претка. Поравнавања вишеструких секвенци (МСА) тих фамилија може да пружи увид у њиховоу структуру и функцију, као што је то случај са протеинским фамилијама. МСА су постале још корисније додатком секундарне структуре. Рфам истраживачи такође доприносе википедијиној иницијативи: РНА WикиПројецт.[4][6]
Референце уреди
- ^ Griffiths-Jones S, Bateman A, Marshall M, Khanna A, Eddy SR (2003). „Rfam: an RNA family database”. Nucleic Acids Res. 31 (1): 439—41. PMC 165453
. PMID 12520045. doi:10.1093/nar/gkg006.
- ^ Griffiths-Jones S, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Eddy SR, Bateman A (2005). „Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D121—4. PMC 540035 . PMID 15608160. doi:10.1093/nar/gki081.
- ^ Gardner PP, Daub J, Tate JG, et al. (2008). „Rfam: updates to the RNA families database”. Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D136. PMC 2686503 . PMID 18953034. doi:10.1093/nar/gkn766.
- ^ а б Gardner PP, Daub J, Tate J, Moore BL, Osuch IH, Griffiths-Jones S, Finn RD, Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR, Bateman A (2011). „Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release.”. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D141—5. PMC 3013711 . PMID 21062808. doi:10.1093/nar/gkq1129.
- ^ „Moving to xfam.org”. Xfam Blog. Pristupljeno 3. 5. 2014.
- ^ Daub J, Gardner PP, Tate J, et al. (2008). „The RNA WikiProject: Community annotation of RNA families”. RNA. 14 (12): 2462—4. PMC 2590952 . PMID 18945806. doi:10.1261/rna.1200508.
