Валкеров мотив
Валкеров А и Валкеров Б мотиви су протеинске секвенце. Њих је запазио Валкер у протеинима који везују АТП 1982. године.[1]
Валкеров А мотив уреди
Валкеров А мотив, такође познат као Валкерова петља или П-петља (фосфат-везујућа петља), је протеински мотив са обрасцем GXXXXGK(T/S), где G, K, T и S означавају глицин, лизин, треонин и серин, а X означава било који аминокиселину. Он је АТП или ГТП везујући мотив присутан у многим протеинима који везују нуклеотиде. Лизински (К) остатак Валкеровог А мотива има пресудни значај за везивање нуклеотида.[2] То је петља богата глицином којој претходи бета равни и којој следи алфа хеликс. Она формира интеракције са фосфатном групом нуклеотида и са јоном магнезијума, који координационо везују β- и γ-фосфате.
Валкеров А мотив је најбоље познат по његовом присуству у протеинима који везују нуклеотиде, али је исто тако присутан и у мноштву протеина са разноврсним функцијама, као што су алфа и бета подјединица АТП синтазе, миозин, трансдуцин, хеликазе, киназе и RecA.[3][4][5]
Валкеров Б мотив уреди
Валкеров Б мотив је структурни мотив протеина са обрасцем (R/K)XXXXGXXXXLhhhhD, где R, K, G, L и D означавају остатке аргинина, лизина, глицина, леуцина, и аспартичке киселине, X предстваља било коју од 20 стандардних аминокиселина, а h означава хидрофобну аминокиселину.[1] Према неким скоријим налазима консензус секвенца овог мотива је hhhhDE, где Е означава глутаматни остатак.[2] Аспартат и глутамат такође формирају део DEAD/DEAH мотива нађеног у хеликазама. Аспартатни остатак се координира са јоном магнезијума, а глутамат је есенцијалан за АТП хидролизу.[2]
Секвенце овог мотива је веома променљива, тако да су једина непроменљива својства негативно наелектрисани остаци након низа гломазних, хидрофобних аминокиселина.[6]
Референце уреди
- ^ а б Wалкер ЈЕ, Сарасте M, Рунсwицк МЈ, Гаy Њ (1982). „Дистантлy релатед сеqуенцес ин тхе алпха- анд бета-субунитс оф АТП сyнтхасе, мyосин, кинасес анд отхер АТП-реqуиринг ензyмес анд а цоммон нуцлеотиде биндинг фолд”. ЕМБО Ј. 1 (8): 945—51. ПМЦ 553140
. ПМИД 6329717.
- ^ а б в Хансон ПИ, Wхитехеарт СW (2005). „ААА+ протеинс: хаве енгине, wилл wорк”. Нат. Рев. Мол. Целл Биол. 6 (7): 519—29. ПМИД 16072036. дои:10.1038/нрм1684.
- ^ Стрyер, Луберт; Берг, Јеремy Марк; Тyмоцзко, Јохн L. (2002). Биоцхемистрy. Сан Францисцо: W.Х. Фрееман. ИСБН 978-0-7167-4684-3.
- ^ Рамакрисхнан, Дани & Рамасарма 2002, стр. 783–798
- ^ Сарасте M, Сиббалд ПР, Wиттингхофер А (1990). „Тхе П-лооп--а цоммон мотиф ин АТП- анд ГТП-биндинг протеинс”. Трендс Биоцхем. Сци. 15 (11): 430—4. ПМИД 2126155.
- ^ ЕВ, Коонин (1993). „А цоммон сет оф цонсервед мотифс ин а васт вариетy оф путативе нуцлеиц ацид-депендент АТПасес инцлудинг MCM протеинс инволвед ин тхе инитиатион оф еукарyотиц ДНА реплицатион”. Нуцлеиц Ацидс Рес. 21 (11): 2541—7. ПМЦ 309579 . ПМИД 8332451. дои:10.1093/нар/21.11.2541.
Литература уреди
- Стрyер, Луберт; Берг, Јеремy Марк; Тyмоцзко, Јохн L. (2002). Биоцхемистрy. Сан Францисцо: W.Х. Фрееман. ИСБН 978-0-7167-4684-3.
Чланци уреди
- Рамакрисхнан, Т; Дани, ВС; Рамасарма (2002). „А цонформатионал аналyсис оф Wалкер мотиф А [GXXXXGKT (S)] ин нуцлеотиде-биндинг анд отхер протеинс”. Протеин Енгинееринг. 15 (10): 783—798. ПМИД 12468712. дои:10.1093/протеин/15.10.783.