Rfam
Rfam je baza podataka koja sadrži informacije o familijama nekodirajućih RNK (ncRNK) i drugih strukturnih RNK elemenata. Ona je anotirana baza podataka otvorenog pristupa koju je originalno razvio Wellcome Trust Sanger Institute u kolaboraciji sa Janelia Farm,[1][2][3][4] i koju trenutno održava Evropski bioinformatički institut.[5] Rfam je dizajnirana na sličan način sa Pfam bazom podataka za anotaciju proteinskih familija.
| Kontent | |
|---|---|
| Opis | Rfam baza podataka sadrži modele poravnanja, konsenzusnih sekundarnnih struktura i kovarijansi RNK familija. |
| Tipovi podataka | RNK familije |
| Organizam | svi |
| Kontakt | |
| Istraživački centar | EBI |
| Primarni citat | PMID 23125362 |
| Pristup | |
| Format podataka | Stokholmski format |
| Veb stranica | Rfam |
| URL za preuzimanje | Rfam ftp |
| Alati | |
| Razno | |
| Licenca | Javno vlasništvo |
| Obeležavajuća etiketa | yes |
Za razliku od proteina, ncRNK sekvence često imaju slične sekundarne strukture, mada njihove primarne strukture nisu slične. Rfam deli ncRNK sekvence u familije na bazi evolucije iz zajedničlig pretka. Poravnavanja višestrukih sekvenci (MSA) tih familija može da pruži uvid u njihovou strukturu i funkciju, kao što je to slučaj sa proteinskim familijama. MSA su postale još korisnije dodatkom sekundarne strukture. Rfam istraživači takođe doprinose vikipedijinoj inicijativi: RNA WikiProject.[4][6]
Reference уреди
- ^ Griffiths-Jones S, Bateman A, Marshall M, Khanna A, Eddy SR (2003). „Rfam: an RNA family database”. Nucleic Acids Res. 31 (1): 439—41. PMC 165453
. PMID 12520045. doi:10.1093/nar/gkg006.
- ^ Griffiths-Jones S, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Eddy SR, Bateman A (2005). „Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D121—4. PMC 540035 . PMID 15608160. doi:10.1093/nar/gki081.
- ^ Gardner PP, Daub J, Tate JG, et al. (2008). „Rfam: updates to the RNA families database”. Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D136. PMC 2686503 . PMID 18953034. doi:10.1093/nar/gkn766.
- ^ а б Gardner PP, Daub J, Tate J, Moore BL, Osuch IH, Griffiths-Jones S, Finn RD, Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR, Bateman A (2011). „Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release.”. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D141—5. PMC 3013711 . PMID 21062808. doi:10.1093/nar/gkq1129.
- ^ „Moving to xfam.org”. Xfam Blog. Pristupljeno 3. 5. 2014.
- ^ Daub J, Gardner PP, Tate J, et al. (2008). „The RNA WikiProject: Community annotation of RNA families”. RNA. 14 (12): 2462—4. PMC 2590952 . PMID 18945806. doi:10.1261/rna.1200508.
