У Бечу је, 3. марта 1707. године, одржана заједничка конференција представника Дворског ратног савета и Дворске угарске коморе и том прилоком је донета одлука која је била против обе српске тезе. Конференција је донела одлуку да се приликом избора новог црквеног поглавара аустроугарских Срба има настојати да се он прогласи потпуно независним од свих патријараха под Турцима, али да ни сам не може носити титулу патријарха.
На [[Крушедолски_саборКрушедолски сабор|првом црквено-народном сабору]] одржаном 6. јануара 1708. године у манастиру Крушедолу, победила је теза митрополита Стефана Метохијца да се не смеју прекидати везе са Пећком патријаршијом. Тада је основана нова Крушедолска митрополија и за њеног првог митрополита једногласно је изабран Исаија Ђаковић, који је знао стране језике и двадесет година водио све црквене послове у односу са валстима. Приликом устоличења нови митрополит је пред целим црквено-народним сабором положио заклетву верности [[Православна црква|Православној цркви]] уопште, цару и пећком патријарху. Новом митрополиту је за архидијецезу одређен Срем и Осечко поље. За време своје краткотрајне управе митрополит Исаија се настанио у [[Сремски Карловци|Сремским Карловцима]], где је 15. маја 1708. године одржао прво редовно заседање Светог архијерејског синода новоосноване Крушедолске митрополије.
Нови митрополит крушедолски, знајући потребе свога народа и цркве са једне, и тежње политичких и римокатоличких кругова са друге стране, поднео је [[Јозеф I Хабзбуршки|цару Јосифу I]] захтев у једанаест тачака. Тражио је да сви тадашњи и будући епископи у Монархији зависе од митрополита док се не освоји [[Пећ (град)|Пећ]], седиште српског патријарха. Тражио је да Крушедолска митрополија задржи у потпуности своја добра, да народ сам себи бира митрополите и поставља митрополитске администраторе, да српско свештенство слободно врши своје дужности, а епископи да слободно и неометано обилазе своје епархије и сакупљају своје приходе који су им привилегијама одобрени, да је православна вера слободна и равноправна с католичком и да се српски народ не присиљава да празнује католичке празнике. Осим тога, митрополит је тражио да православне епископе посвећује само српски архиепископ и да онај православни митрополит или епископ који пређе на унију буде лишен чина, а да народ на његово место може поставити новог митрополита или епископа.
Приликом посете Бечу ради црквено-народних послова, митрополит Исаија је изненада умро [[20. јул]]а [[1708]]. године. Сахрањен је у манастиру Крушедолу.
