Институт је основан [[1946|1946.]]. године, када [[Српска академија наука и уметности|Српска Академија Наука]] оснива два института и то: Институт за телекомуникације и Институт за електронику.
Из састава ова два института Влада [[Социјалистичка Федеративна Република Југославија|ФНРЈ]] оснива [[1947|1947.]]. године Централни радио-институт Владе ФНРЈ, а потом [[1948|1948.]]. године, из његовог састава Министарство за електропривреду оснива Институт за електропривреду.
Српска Академија Наука [[1950|1950.]]. године обједињује ова четири института у Институт „Никола Тесла“ за испитивање електричних појава.
Извршно веће Народне скупштине Народне Републике Србије [[1959|1959.]]. године из састава Института „Никола Тесла“ одваја групу научника и истраживача, и оснива Институт за електронику и телекомуникације „Михајло Пупин“ и тада се први пут помиње у називу Института име нашег великог научника [[Михајло Пупин|Михајла Пупина]].
Извршно веће Скупштине Народне Републике Србије и суоснивачи: [[Електротехнички факултет Универзитета у Београду|Електротехнички факултет]], [[ЕИ Ниш|Еи Ниш]] и [[Енергопројект]], издвајају [[1961|1961.]]. године две лабораторије из [[Институт за нуклеарне науке Винча|Института за нуклеарне науке „Борис Кидрич“]] и то: Лабораторију за аутоматику и Лабораторију за дигиталну технику, и прикључују их Институту за аутоматику и телекомуникације „Михајло Пупин“ и при томе истовремено врше његову темељну реорганизацију.
У периоду од 1961.--[[1998|1998.]]. године Институт „Михајло Пупин“ пролази организационе промене од: Организације удруженог рада до садашњег Друштвеног научноистраживачког предузећа Институт „Михајло Пупин“ 1998., који чини систем од једног матичног и седам зависних предузећа.
