Одбрана ћелија од [[Mikroorganizam|микроорганизама]] ([[вирус]]и у ћелију улазе [[ендоцитоза и егзоцитоза|пиноцитозом]], а бактерије [[ендоцитоза и егзоцитоза|фагоцитозом]]) који се у лизозомима варе; због тога лизозома има пуно у [[бела крвна зрнца|леукоцитима]] који имају способност фагоцитозе. [[Грануларни леукоцит]]и имају велику моћ фагоцитозе бактерија и њиховог варења у лизозомима (лизозоми се у овим леукоцитима виде као зрнца – грануле). Када дође до повреде на неком ткиву, ови леукоцити бивају привучени материјама које се налазе на повређеном месту. Они напуштају [[крвни суд]], провлачећи се између ћелија крвног суда захваљујући способности да мењају облик ([[амебоидно кретање]]) и долазе до места повреде. Леукоцити, затим, обухватају једну по једну бактерију, а када је фагоцитоза интензивна један леукоцит може да захвати и до двадесетак бактерија. Обично после овако јаке фагоцитозе сам леукоцит угине, а остаци повређених ћелија, бактерија и леукоцита означени су као [[гној]]. У неким случајевима леукоцити не могу да остваре своју одбрамбену улогу јер немају одговарајуће ензиме за разлагање зида неких бактерија (нпр. [[bacillus|бацила]] [[лепра|лепре]] и [[туберкулоза|туберкулозе]]). Они изврше фагоцитозу, али не могу да разложе бактерију.
'''Варење дотрајалих, оштећених или непотребних молекула или делова ћелије''' у којој се лизозом налази процесом [[аутофагија|аутофагије]]. Тада се око материјала који треба да буде сварен образује [[аутофагозом]], који се затим спаја са примарним лизозомом. Делове који су настали овим варењем ћелија употребљава за нове синтезе. У случају драстичног гладовања ћелија је принуђена да лизозомима разложи сопствене делове који нису дотрајали.
