[[Датотека:Monks of Pechory monastery.jpg|мини|десно|250п|Монаси Печорског манастира на слици из књиге аустријског дипломате Аугустуса Мајербека из 1661. године]]
[[Датотека:224 Petseri kloostri õu.jpg|мини|десно|250п|Манастир на фотографији од пре 1937. године]]
Трупе [[Вермахт]]а окупирале су [[Печори]] [[10. јул]]а [[1941]]. године и у време окупације која је трајала све до [[11. август]]а [[1944]]. манастир је претрпео велика материјална оштећена узрокована углавном артиљеријским деловањима. наконНакон окупације манастир је остао под двојном управом и једнако је припадао Талинској митрополији и Прибалтичком егзархату.<ref name="2СР">{{cite web|title=Монастырь в годы Великой Отечественной войны|url=http://www.pskovo-pechersky-monastery.ru/letopis/12-monastyr-v-gody-velikoj-otechestvennoj-vojny-1941-1945-gg|publisher=Официальный сайт Свято-Успенского Псково-Печерского монастыря|accessdate=23. 3. 2016}}</ref> Од [[1940]]. до октобра [[1941]]. намесник манастира је био архимандрит Парфениј Шатињин, а након његове смрти наследио га је игуман Павел Горшков који је на тој позицији остао све до краја 1944. године када је ухапшен од стране совјетских служби под оптужбама за сарадњу са окупатором (а потом и осуђен на затворску казну у трајању од 15 година, рехабилитован посмртно тек [[1997]]. године).<ref name="2СР" /><ref name="20. век">{{cite web|title=Монастырь в ХХ веке и в наши дни|url=http://www.pskovo-pechersky-monastery.ru/letopis/8-monastyr-v-xx-veke-i-v-nashi-dni|publisher=Официальный сайт Свято-Успенского Псково-Печерского монастыря|accessdate=23. 3. 2016}}</ref> Током окупације немачке власти су дозвољавале свештенству обављање богослужбених дужности, али уз услов да свештенство призна окупациону власт. Иако су свештеници начелно признавали власти Немаца, унутар манастирских зидина су се током целог рата скривали припадници покрета отпора и особе које су биле на немачким потерницама.<ref>{{cite journal|first=А. Ю.|last=Сегень|title=Псковская Православная миссия в годы Великой Отечественной войны|journal=Виноград : журнал|year=2009|volume=№ 4 (30).|url=http://www.vinograd.su/education/detail.php?id=42551}}</ref> Како су током рата све школе у граду биле претворене у немачке војне болнице, на иницијативу игумана Павела у његовој резиденцији је деловала естонска средња школа.
У бомбардовању Печорија и околине од стране совјетске авијације које се деило у ноћи [[31. март]]а на [[1. април]] 1944. погинуо је епископ Макарије Васиљев. Непосредно пре ослобођења немачке власти су из манастира однеле неке од најважнјих драгоцености (генерал Берг је [[18. март]]а [[1944]]. из манастира пут [[рига|Риге]] однео 4 кутије са манастирским драгоценостима). Манастирско благо је враћено тек [[1973]]. за време архимандрита Алипија.<ref name="2СР" />
