У наредном покушају да се ослободи противника наредио је да се уништи [[гимназија|гимназијум]], чиме је желео да стане једном за свагда на крај педерастији [[Античка Грчка|античке Грчке]] која је имала репутацију опасну по тиране. Наиме, оно што је ускратио другима није и себи. За себе је задржао дечака по имену Смердис. Једном приликом, када је песник Анакреон, у то време гост тиранина, понешен младићевим духовним квалитетима понудио пријатељство на које му је Смердис одговорио, Поликрат је постао љубоморан и наредио да се дечакова дуга коса одсече.
Антички историчар Херодот забележио је и причу о Поликратовој смрти. При крају владавине Камбиза II, Спартанци су припремали напад на Самос и Поликрату су били потребни нови пријатељи на које би могао да се ослони у одбрани свога краљевства. Персијски [[сатрап]] Сардиса[[Сард]]а, [[Орет]], планирао је да убије Поликрата и смислио је како то да учини само уз помоћ гласника и уверљиве лажи. Орет је обавестио Поликрата да се прибојава Камбиза и да располаже средствима која би учинила Поликрата најмоћнијим грчким тиранином свих времена. Поликрат је био заинтригиран али је понуду примио обазриво. Узвратио је поруком у којој је тражио од Орета да се сусретну ради даљих преговора, али је Орет био превише лукав, те је Поликратовом гласнику показао лажне сандуке пуне злата испод кога се налазило обично камење. По повратку на Самос гласник је обавестио свога господара да Оретис заиста има небројено благо. Поликратови саветници и пророци нису били тако брзи да поверују Орету и упозоравали су га да се не састаје са Персијанцем. И Поликратова ћерка је оцу препричала сновиђење у коме је он, њен отац, подигнут у ваздух, опран од стране [[Зевс]]а и премазан уљем од стране [[Хелиос]]а. Супротно предсказањима и саветима Поликрат је ипак испловио у сусрет судбини праћен бројном свитом. Орет није губио време и одмах по сусрету заробио је Поликрата и његове пратиоце. Начин на који је убиство изведено Херодот не бележи, али судећи по многим другим записима велики тиранин је убијен на свиреп начин и потом разапет. Амазисово упозорење и сан његове ћерке су се обистинили. Поликрат је доживео горак крај, обешен у ваздуху да га сперу Зевсове кише и опрљи додир Хелиоса (Сунца).
Немачки песник, драматург, филозоф и историчар [[Фридрих Шилер]] опевао је 1797. године Поликрата и његову епоху у својој познатој балади "Поликратов прстен" ("[http://gutenberg.spiegel.de/schiller/gedichte/polykrat.htm| Des Ring des Polykrates]").
