Пореклом је из источне Словачке, из сиромашног места КобелареваКобељарева. Његов отац Павле је био евангелистички проповедник и учитељ, а мајка Катарина домаћица. Шафарикови су били чешког порекла, и ту су се склонили за време тзв. "тридесетогодишњег рата".<ref>"Дело", Београд 1895. године</ref> Млади Шафарик је у периоду [[1806]]–[[1808]]. године, похађао гимназију, прво у [[Рожњава|Рожњави]], па [[1808]]–[[1810]]. године довршио у [[Добшина|Добшини]]. Положио је три разреда за две године са одличним успехом и добро научио латински, немачки и мађарски језик. Уследиле су студије, током којих је слушао филозофију, теологију и мађарско право између [[1810]]–[[1814]]. године у [[Кежмарок]]у. Године [[1815]]. наставио је студије теологије у [[Универзитет Фридрих Шилер|Јену]].
Павел Шафарик јр по окончању студија, од [[1819]]. године<ref name="ШК "> СПОМЕНИЦА 1789-1989, 200 година школе у Кулпину, Мирослав Кривак 1989. Кулпин''</ref> почео да ради као професор и директор у гимназији у [[Нови Сад|Новом Саду]]. У Новом Саду се [[1822]]. године оженио са сестом свог друга Карла, Боженом Јулијом Амброзијовом из Пожуна.<ref>"Глас народа", Нови Сад 1874. године</ref>
