Ензимска кинетика — разлика између измена
Садржај обрисан Садржај додат
м Разне исправке |
Спашавам 2 извора и означавам 0 мртвим. #IABot (v2.0beta15) |
||
Ред 139:
Када се функционална зависност брзине реакције од концентрације супстрата (стална концентрација -{А}- и променљива концентрација -{B}-, и обратно) прикаже графички, преко Лајнвивер-Бурковог графика, добијене линије биће међусобно паралелне.
У ензиме са пинг-понг механизмом спадају неке [[оксидоредуктаза|оксидоредуктазе]] као што је [[пероксидаза|тиоредоксин пероксидаза]],<ref>{{en}}-{Akerman SE, Muller S. [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T29-49321S6-2&_coverDate=08%2F31%2F2003&_alid=466052639&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_qd=1&_cdi=4913&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=965e18a4c2ad0af711ba05d1a46dc855 ''2-Cys peroxiredoxin PfTrx-Px1 is involved in the antioxidant defence of Plasmodium falciparum.''] {{Wayback|url=http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T29-49321S6-2&_coverDate=08%2F31%2F2003&_alid=466052639&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_qd=1&_cdi=4913&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=965e18a4c2ad0af711ba05d1a46dc855 |date=20080220083727 }} Mol Biochem Parasitol. 2003 Aug 31;130(2):75-81. PMID 12946843}-</ref> [[трансфераза|трансферазе]] као што је ацилнеураминат цитидилилтрансфераза<ref>{{en}}-{Bravo, I.G., Barrallo, S., Ferrero, M. A., Rodríguez-Aparicio, L. B., Martínez-Blanco H., Reglero, A.
“Kinetic properties of the Acylneuraminate Cytidylytransferase from Pasteurella haemolytica A2”. Biochem. J. (2001) 358, 585-598.
* [http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=11577688]}-</ref> и [[серин протеаза|серин протеазе]] као што је [[трипсин]] и [[хемотрипсин]].<ref>{{en}}-{Kraut J. ''Serine proteases: structure and mechanism of catalysis.'' Annu Rev Biochem. 1977;46:331-58. PMID 332063}-</ref> Серин протеазе су разноврсна група ензима и ту спадају, на пример, ензими који учествују у варењу, неколико ензима који учествују у [[коагулација|згрушавању крви]] и многи други. У овим серин-протеазама енергетски активиран интермедијер је врста ацил-ензима, који је формиран дејством активног места бочног низа [[серин]]а на [[пептидна веза|пептидну везу]] у протеинском супстрату.
Ред 166:
Један од важнијих циљева мерења кинетике ензимских процеса је одређивање хемијског механизма неке ензимске реакције тј. редослед хемијских ступњева који трансформису супстрат у производ. Кинетички процеси који су дати као пример у даљем тексту разматрају још и којом се брзином интермедијери стварају али не могу тачно дефинисати шта су ти интермедијери.
Мерења кинетике датих реакција спроведена под различитим условима или са незнатно модификованим ензимима или супстратима могу често дати увид у хемијски механизам, зато што одређују најспорији ступањ или интермедијере у реакцији. На пример, раскидање [[ковалентна веза|ковалентне везе]] између [[водоник]]овог атома и остатка молекула је често одлучујући ступањ реакције. Заменом једног по једног водониковог атома [[деутеријум]]има и праћењем брзине реакције замене може се одредити који тачно водоников атом учествује у најспоријем ступњу. Брзина ће се променити када водоник који учествује у одлучујућем ступњу буде замењен, због примарних [[кинетички изотопски ефекат|кинетичких изотопских ефеката]] који се дешавају зато што је везе са деутеријумом много теже раскинути него везе са водоником.<ref>{{en}}-{Cleland WW. [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WB5-4DD8DXJ-8&_coverDate=01%2F01%2F2005&_alid=466049795&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_qd=1&_cdi=6701&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=cf322c4a1c7db6b9f89551a8469a1a2d ''The use of isotope effects to determine enzyme mechanisms.''] {{Wayback|url=http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WB5-4DD8DXJ-8&_coverDate=01%2F01%2F2005&_alid=466049795&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_qd=1&_cdi=6701&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=cf322c4a1c7db6b9f89551a8469a1a2d |date=20080220083920 }} Arch Biochem Biophys. 2005 Jan 1;433(1):2–12. PMID 15581561}-</ref> Такође је могуће мерити сличне ефекте код других изотопских супституција, као што су -{<sup>13</sup>C/<sup>12</sup>C}- и -{<sup>18</sup>O/<sup>16</sup>O}-, али ови ефекти су много мање изражени.<ref>{{cite journal ||last=Northrop|first=D.|title=The expression of isotope effects on enzyme-catalyzed reactions |journal=Annu. Rev. Biochem. |volume=50 |issue= |year=1981|pmid=7023356|pages=103-31}}</ref>
Изотопски ефекти још могу бити искоришћени да објасне различите етапе прелаза молекула супстрата у финалне производе. На пример, понекад је веома тешко утврдити порекло атома [[кисеоник]]а у финалном производу; будући да могу потицати из воде или из дела супстрата. То може бити одређено систематском заменом стабилног изотопа кисеоника <sup>18</sup>O неким од молекула који учествују у реакцији, а затим се проверава присутност изотопа у производу.<ref>{{cite journal|vauthors=Baillie T, Rettenmeier A |title=Drug biotransformation: mechanistic studies with stable isotopes |journal=Journal of clinical pharmacology |volume=26 |issue=6 |year=1986|pmid=3734135|pages=448-51}}</ref> Хемијски механизам такође може бити разјашњен испитивањем кинетичких и изотопских ефеката под различитим -{pH}- условима<ref>{{en}}-{Cleland WW. ''Use of isotope effects to elucidate enzyme mechanisms.'' CRC Crit Rev Biochem. 1982;13(4):385–428. PMID 6759038}-</ref>, заменом металних јона или других везаних коензима<ref>{{en}}-{Christianson DW, Cox JD. ''Catalysis by metal-activated hydroxide in zinc and manganese metalloenzymes.'' Annu Rev Biochem. 1999;68:33–57. PMID 10872443}-</ref>, [[просторно одређена мутагенеза|просторно одређеном мутагенезом]] очуваних остатака аминокиселине или испитивањем понашања ензима у присуству аналога супстрата.<ref>{{cite journal|vauthors=Kraut D, Carroll K, Herschlag D |title=Challenges in enzyme mechanism and energetics |journal=Annu. Rev. Biochem. |volume=72 |issue= |year=2003|pmid=12704087|pages=517-71}}</ref>
| |||