У јуну 2008. прелази у [[ФК Интер Милано|Интер]] из [[Милано|Милана]], сас кимекојим потписује трогодишњи уговор.<ref>{{cite web|title=JOSÉ MOURINHO JOINS INTER |url=https://www.inter.it/en/news/29399 |website= inter.it |accessdate=18. 12. 2018 |date=2. 6. 2008| language=en}}</ref> У прва три месеца у Интеру освојио је један трофеј, [[Суперкуп Италије у фудбалу|Суперкуп Италије]], а своју прву сезону у Италији завршио освојивши [[Серија А 2008/09.|Серију А]]. Његова друга сезона у Интеру претворила се у исписивање историје не само миланских црно-плавих већ и читавог италијанског фудбала. Након што је на старту сезоне Интер остао без трофеја у [[Суперкуп Италије у фудбалу|Суперкупу Италије]] уследио је бриљантан наставак и нарочито крај сезоне. Интер је предвођен Морињом успео да оствари оно што ниједан италијански клуб није до тада урадио. Освојена је трострука круна, одн. како то Италијани кажу "триплета".<ref>{{cite news|url=https://mondo.rs/Liste/a780554/Zoze-Murinjo-10-razloga-zasto-ga-ne-volimo-TOP-LISTA.html|title=10 RAZLOGA ZAŠTO (NE) VOLIMO MURINJA|website=mondo.rs| date=23. 3. 2015|accessdate=20. 11. 2019}}</ref> Након освајања нове титуле првака Италије, освојен је и трофеј у [[Куп Италије у фудбалу|националном купу]], а све је зачињено освајањем титуле [[Лига шампиона 2009/10.|првака Европе]], укупно треће у клупској историји али прве након пуних 45 година чекања.<ref>{{cite news|url=https://sport.blic.rs/fudbal/evropski-fudbal/inter-i-murinjo-ostvarili-san-milito-srusio-bajern/2wqmg5r|title=Inter i Murinjo ostvarili san, Milito srušio Bajern!|website=sport.blic.rs| date=22. 5. 2010|accessdate=20. 11. 2019}}</ref> Након освајања титуле првака Европе, Морињо је напустио Интер.<ref>{{cite news|url=https://sport.blic.rs/fudbal/evropski-fudbal/zoze-murinjo-moj-posao-ovde-je-zavrsen/y2gk3pl|title=Žoze Murinjo: Moj posao ovde je završen!|website=sport.blic.rs| date=23. 5. 2010|accessdate=20. 11. 2019}}</ref>
