Трговачка Федерација и њене вође су преживели до самог краја Ратова клонова, чак и након што је Конфедерација независних система, којима су припадали, претрпела бројне и тешке поразе. Међутим, у ''[[Ратови звезда Епизода III: Освета Сита|Освети Сита]]'', [[Дарт Вејдер]] је хладнокрвно убио Ганреја и Хаака, као и неке од чланова Сепаратистичког савета, као што су [[Шу Маи]] и [[Ват Тамбор]]. Ово је урађено по заповести [[Мрачни господар Сита|мрачног господара Сита]] [[Палпатин|Дарта Сидијуса]], који је такође наредио искључење осталих дроидских снага. После Ратова клонова, оно мало што је остало од поседа Трговачке Федерације је заплењено од стране императора Палпатина да би се помогла изградња [[Галактичка Империја|Галактичке Империје]]. До времена [[Битка за Јавин|битке за Јавин]] трговачке организације су постале законом забрањене.
== Улога у Императорвомимператоровом успону на власт ==
Кључна улога Трговачке Федерације у филмовима је та да буду самобуде пион угосподара плановима[[Сити Мрачног господара(Ратови звезда)|Сита]] Дарта Сидијуса, даи преузметиме врховнуму властомогући ууспон на место Галактичкојимператора Републицигалаксије. Подстичући непријатељства, Сидијус је користио војску Федерације да одвуче пажњу [[Џедаји|Џедаја]] и изгради политички утицај свог наличја, сенатора Палпатина. Прави узрок битке за Набу је био да,научини крајуПалпатина, учини њеног сенатора (штокоји је билабио Палпатиновасенатор позиција у то време)Набуа, врховним канцеларом. Годинама касније, сепаратистички покрет под вођством Трговачке Федерације је такође био резултат Сидијусове манипулације, што је довело до Ратова клонова. Ратови клонова, опет Сидијусова замисао, су постали оправдање заоправдали формирање огромне војске која се првобитно ставила у заштиту Републике, само да би касније послужила као оружје за елиминисање[[Наредба 66|истребљење Џедаја]] и осигуравање настанка Галактичке Империје. Овај след догађаја би био немогућ без доприноса Трговачке Федерације. ЈедномНакон кадашто је постао Императоримператор, Сидијусу више није била потребна Федерација, те је наредио свом ученику [[Дарт Вејдер|Дарту Вејдеру]] да елиминише њене вође, окончавајућишто тимеје окончало Ратове клонова. Вејдер није био свестан манипулација свог господара, и видео је себе као хероја који је окончао рат.
