[[Парагвај (река)|Река Парагвај]] тече дужином од 600 километара дуж равница Пантанала и при томпритом јој је пад свега 30 метара. Стога вода која падне у висоравнима на северу и рекама и потоцима стигне у низију веома споро истиче ка југу. Током кишне сезоне (од новембра до марта), велики простори равнице (приближно 80% површина) буду под водом. Дубина воде иде до једног метра. Тако је настао комплексни систем [[савана]], плавних подручја, степенастих мочварних шума и сувих шума, као и мозаик река, језера и лагуна, који се значајно мења у складу са сменом кишне и сушне сезоне.
