Провео је неколико година као [[фармацеут]] након својих студија медицине.
Студирао је у [[Гисен]]у, али не код [[Јустус фон ЛибихЛибиг|Јустуса фон ЛибихаЛибига]], већ је радио са ЛибиховимЛибиговим студентом Вилом и са Фресенијусом, а у [[Хајделберг]]у је био код [[Фридрих Кекуле|Фридриха Кекулеа]]. Такође се повезао и са [[Роберт Бунсен|Робертом Бунсеном]] због проучавања [[ђубриво|ђубрива]]. Ерленмајер је био професор хемије у [[михнен]]ској школи политехнике од [[1868]]. до [[1883]]. године. Његов експериментални рад укључивао је и откриће и синтезу неколицине органских једињења, нпр. [[изобутерна киселина|изобутерне киселине]] ([[1865]]); године [[1861]], изумео је [[ерленмајер]], лабораторијску посуду која носи његово име. Међу првима који је прихватио структурне формуле засноване на [[валенца (хемија)|валенци]], Ерленмајер је предложио модерну [[нафтален]]ску формулу за два [[бензен]]ова прстена која деле два угљеникова атома.
Године [[1880]]. формулисао је ''[[Ерленмајерово правило]]'': Сви [[алкохол]]и у којима је [[хидроксилна група]] везана директно за [[угљеник]]ов атом у двострукој вези, постају [[алдехид]]и или [[кетон]]и.
