Почев од оснивања Бугарске егзархије и добијања јурисдикције над територијом Македоније, а и због деловања пробугарске [[Унутрашња македонска револуционарна организација|ВМРО]], Бугарски егзархат је настојао да спречи функционисање [[Српска православна црква|Српске православне цркве]] у делу [[Стара Србија|Старе Србије]] који углавном обухвата данашњу Македонију. Бугарски егзархат се након [[Берлински конгрес|Берлинскога конгреса]] једно време повукао из Македоније, да би [[1890]]. од турских власти добио дозволу за повратак у охридску и скопску епархију, а [[1894|1894.]]. у велешку и неврокопску епархију.<ref name="НАР">[[Народна енциклопедија]] српско-хрватско-словеначка, Београд 1929, књига 1, 643</ref> Након 1897. делују у битољској, струмичкој и дебарској епархији. Осниване су многе бугарске школе новцем добијаним од бугарске државе за пропагандне сврхе.<ref name="НАР"/> Почели су да забрањују слављење славе и да се славе српски свеци.<ref name="НАР"/> Српске књиге су избацивали из школа и цркава.<ref name="НАР"/> Многи су због тога напуштали бугарску егзархију и враћали се цариградској патријаршији, која је постала попустљивија дозволивши словенско богослужење. Турци никако нису дозвољавали обнову пећке патријаршије. Међутим након дуготрајних и упорних захтева српских народних првака и након дипломатскога посредовања Русије, Србије и Црне Горе издејствовано је да [[васељенски патријарх|цариградски патријарх]] постави Србе за епископе у [[Призрен]]у [[1896]]. и [[Скопље|Скопљу]] [[1897]].<ref name="НАР"/> Српски епископи су онда почели да отварају школе уз помоћ новца добијенога из Србије.<ref name="НАР"/> Тек тада су почели да се такмиче са дубоко укорењеном бугарском пропагандом. Читави крајеви су почели да се одвајају од бугарске егзархије и да прилазе српским епископима.<ref name="НАР"/> Бугари су онда од [[1902]]. почели да организују разбојничке чете, које су поубијале много српских истакнутих људи, а нарочито су се окомили на свештенике и учитеље.<ref name="НАР"/> Као последица терора [[Унутрашња македонска револуционарна организација|ВМРО]] а и албанских и турских башибозука над Србима у Старој Србији и Македонији у патриотским круговима у Београду, Врању, Скопљу и Битољу се родила идеја о формирању српске четничке организације која би спроводила координирану оружану одбрану Срба.
До [[Први балкански рат|балканског рата]] и протеривања Турака из Старе Србије Бугарска егзархија је често (помоћу [[Унутрашња македонска револуционарна организација|ВМРО]] комита) спроводила ликвидације српских свештеника и учитеља.
