Номинално, Транскеј је био демократска република, са највишим законодавним органом - парламентом од 150 чланова, од којих су половицаполовина изабрани на вишепартијским изборима, а половицуполовину су постављали локални поглавице. Партија првог председника [[Кајсер Матанзима|Кајсера Матанзима]] Национална партија независности, практички је самостално водила земљу, и представљала једину стварну политичку снагу, друга по снази Демократска партија, била је преслаба да било шта направи (осталих 4 још слабије). Након [[државни удар|војног удара]] којег је извео Банту Холомиса [[30. децембар|30. децембра]] [[1987]]. све партије су укинуте, а земљом је владала војна хунта све до укидања Транскеја.
На крају свог постојања Транскеј је имао војску од 3 500 до 4 000 војника.
