NAMD

NAMD (НАноскална Mолекулска Dинамика) је бесплатан молекуларно динамички симулациони пакет који је написан користећи Charm++ паралелни програмски модел. Он је познат по својој ефикасности паралелизације и често је коришћен у симулацијама великих система који садрже милионе атома. Овај програм је развијен кроз колаборацију групе за Теоретску и Рачунску Биофизику и лабораторије за паралелно програмирање на Универзитету Илиноја у Урбана-Цхампаигну.

Нелсон ет ал. су представили овај програм 1995. године као паралелни молекуларно динамчки код, који омогућава интерактивне симулације кроз повезивање са кодом за визуелизацију (VMD). NAMD се од тада развио увођењем многих додатних својстава и проширењем CPU скале да обухвати хиљаде процесора.

Види још

• CHARMM
• GROMACS
• Grace (alat za prikazivanje diagrama)
• VMD
• Charm++
• MDynaMix
• Yasara
• BOSS

Референце

• Флексибилност и Интероперативност у Паралелном Молекулско Динамичком коду, постскрипт фаил
• НАМД Паралелни Објектно-Оријентисани Молекулско Динамички Програм, пдф фаил

Спољашње везе

• NAMD страна на TCB wеб саиту
• NAMD страна на ППЛ wеб саиту
• NAMD он GPU-има