ПДБсум
PDBsum је база података која даје преглед садржаја свој 3Д макромолекулских структура депонованих у Протеинској банци података.[1][2][3][4]
 | |
|---|---|
| Контент | |
| Опис | Преглед структура садржаних у Протеинској банци података |
| Типови података | Протеин струцтурес |
| Организам | алл |
| Контакт | |
| Истраживачки центар | ЕБИ |
| Аутори | Роман Ласковски |
| Примарни цитат | PMID 9433130 |
| Приступ | |
| Веб страница | PDBsumn |
| Алати | |
| Разно | |
| Обележавајућа етикета | да |
Свака структура у PDBsum бази података укључује слику структуре, молекулске компоненте садржане у комплексу, реакциони дијаграм ензима (по потреби), онтологију гена функционалне анотације, Pfam анотацију 1Д секвенце и InterPro класификацију домена, опис везаних молекула, график који приказује интеракције између протеина и секундарне структуре, шематске дијаграме протеин-протеин интеракција, анализу отвора присутних унутар структуре и везе ка спољашњим базама података.
Референце уреди
- ^ Ласкоwски РА, Хутцхинсон ЕГ, Мицхие АД, Wаллаце АЦ, Јонес ML, Тхорнтон ЈМ (1997). „ПДБсум: а Wеб-басед датабасе оф суммариес анд аналyсес оф алл ПДБ струцтурес”. Трендс Биоцхем. Сци. 22 (12): 488—90. ПМИД 9433130.
- ^ Ласкоwски, РА (2001). „ПДБсум: суммариес анд аналyсес оф ПДБ струцтурес”. Нуцлеиц Ацидс Рес. 29 (1): 221—2. ПМЦ 29784
. ПМИД 11125097. дои:10.1093/нар/29.1.221.
- ^ Ласкоwски РА, Цхистyаков ВВ, Тхорнтон ЈМ (2005). „ПДБсум море: неw суммариес анд аналyсес оф тхе кноwн 3Д струцтурес оф протеинс анд нуцлеиц ацидс”. Нуцлеиц Ацидс Рес. 33 (Датабасе иссуе): Д266—8. ПМЦ 539955 . ПМИД 15608193. дои:10.1093/нар/гки001.
- ^ Ласкоwски, РА (2009). „ПДБсум неw тхингс”. Нуцлеиц Ацидс Рес. 37 (Датабасе иссуе): Д355—9. ПМЦ 2686501 . ПМИД 18996896. дои:10.1093/нар/гкн860.
Види још уреди
Спољашње везе уреди
- Ласкоwски РА, Тхорнтон ЈМ. „ПДБсум хоме паге”. Еуропеан Биоинформатицс Институте.