Структурна класификација протеина
Структурна класификација протеина, енгл. Structural Classification of Proteins (SCOP), је база података која првенствено садржи мануалну класификација протеинских структурних домена. Она је базирана на сличности њихових аминокиселинских секвенци и три-димензионих структура. Оригинално је објављена 1995.[1] и обично се ажурира једном годишње. Одржавају је Алеxеј Мурзин и његове колеге,[2][3].
Хијерархијска структура уреди
СЦОП садржи четири нивоа хијерархијске структурне класификације:
- класа - генерална "структурна архитектура" домена
- набор - слична организација регуларне секундарне структуре али без евиденције о еволуционој повезаности
- суперфамилија - довољна структурна и функциона сличност да се изведе закључак о дивергентној еволуцијској вези, мада хомологија секвенци не постоји
- фамилија - сличност секвенци се може детектовати
Види још уреди
Литература уреди
- ^ Мурзин АГ, Бреннер СЕ, Хуббард Т, Цхотхиа C (1995). „СЦОП: а струцтурал цлассифицатион оф протеинс датабасе фор тхе инвестигатион оф сеqуенцес анд струцтурес”. Ј. Мол. Биол. 247 (4): 536—40. ПМИД 7723011. дои:10.1006/јмби.1995.0159.
- ^ Ло Цонте L, Бреннер СЕ, Хуббард ТЈ, Цхотхиа C, Мурзин АГ (2002). „СЦОП датабасе ин 2002: рефинементс аццоммодате струцтурал геномицс”. Нуцлеиц Ацидс Рес. 30 (1): 264—7. ПМЦ 99154
. ПМИД 11752311. дои:10.1093/нар/30.1.264.
- ^ Андреева А, Хоwортх D, Бреннер СЕ, Хуббард ТЈ, Цхотхиа C, Мурзин АГ (2004). „СЦОП датабасе ин 2004: рефинементс интеграте струцтуре анд сеqуенце фамилy дата”. Нуцлеиц Ацидс Рес. 32 (Датабасе иссуе): Д226—9. ПМЦ 308773 . ПМИД 14681400. дои:10.1093/нар/гкх039.
