Суперфамилија (протеини)
Суперфамилија (SUPERFAMILY) је база података која садржи структурну и функционалну анотацију свих протеина и генома.[1][2][3][4][5]
| Контент | |
|---|---|
| Опис | База података SUPERFAMILY садржи структурну и функциону анотацију свих протеина и генома. |
| Типови података | Протеинске фамилије, анотација генома, поравнавања секвенци, ХММ модели |
| Организам | алл |
| Контакт | |
| Истраживачки центар | Универзитет у Бристолу |
| Лабораторија | Џулијан Гоф |
| Примарни цитат | PMID 19036790 |
| Приступ | |
| Формат података | ФАСТА формат |
| Веб страница | SUPERFAMILY вебсајт |
| URL за преузимање | SUPERFAMILY |
| Алати | |
| Разно | |
| Лиценца | ГНУ-ова општа јавна лиценца |
| Верзија | 1.75 |
Ова анотација базирана на колекцији скривених Марковљевих модела, који представљају структурне протеинске домене на нивоу SCOP суперфамилије.[6] Групе суперфамилије формирају домене који имају еволуционе односе. Анотација је формирана скенирањем протеинских секвенци комплетно секвенцираних генома користећи скривене Марковљеве моделе.
За сваки протеин се може:
- Послати секвенца за SCOP класификацију
- Разматрати организација домена, поравнавања секвенци и детаљи протеинских секвенци
Референце
уреди- ^ Wилсон, D.; Петхица, Р.; Зхоу, Y.; Талбот, C.; Вогел, C.; Мадера, M.; Цхотхиа, C.; Гоугх, Ј. (2009). „СУПЕРФАМИЛY--сопхистицатед цомпаративе геномицс, дата мининг, висуализатион анд пхyлогенy”. Нуцлеиц Ацидс Ресеарцх. 37 (Датабасе иссуе): Д380—Д386. ПМЦ 2686452
. ПМИД 19036790. дои:10.1093/нар/гкн762.
- ^ Wилсон, D.; Мадера, M.; Вогел, C.; Цхотхиа, C.; Гоугх, Ј. (2007). „Тхе СУПЕРФАМИЛY датабасе ин 2007: Фамилиес анд фунцтионс”. Нуцлеиц Ацидс Ресеарцх. 35 (Датабасе иссуе): Д308—Д313. ПМЦ 1669749 . ПМИД 17098927. дои:10.1093/нар/гкл910.
- ^ Гоугх Ј. (2002). „Тхе СУПЕРФАМИЛY датабасе ин струцтурал геномицс”. Ацта црyсталлограпхица. Сецтион D, Биологицал црyсталлограпхy. 58 (Пт 11): 1897—1900. ПМИД 12393919.
- ^ Гоугх, Ј.; Цхотхиа, C. (2002). „СУПЕРФАМИЛY: ХММс репресентинг алл протеинс оф кноwн струцтуре. СЦОП сеqуенце сеарцхес, алигнментс анд геноме ассигнментс”. Нуцлеиц Ацидс Ресеарцх. 30 (1): 268—272. ПМЦ 99153 . ПМИД 11752312. дои:10.1093/нар/30.1.268.
- ^ Де Лима Мораис, D. А.; Фанг, Х.; Рацкхам, О. Ј. L.; Wилсон, D.; Петхица, Р.; Цхотхиа, C.; Гоугх, Ј. (2010). „СУПЕРФАМИЛY 1.75 инцлудинг а домаин-центриц гене онтологy метход”. Нуцлеиц Ацидс Ресеарцх. 39 (Датабасе иссуе): Д427—Д434. ПМЦ 3013712 . ПМИД 21062816. дои:10.1093/нар/гкq1130.
- ^ Гоугх, Ј.; Карплус, К.; Хугхеy, Р.; Цхотхиа, C. (2001). „Ассигнмент оф хомологy то геноме сеqуенцес усинг а либрарy оф хидден Марков моделс тхат репресент алл протеинс оф кноwн струцтуре1”. Јоурнал оф Молецулар Биологy. 313 (4): 903—919. ПМИД 11697912. дои:10.1006/јмби.2001.5080.
