PDBsum je baza podataka koja daje pregled sadržaja svoj 3D makromolekulskih struktura deponovanih u Proteinskoj banci podataka.[1][2][3][4]

PDBSum
Pdbsum logo.gif
Kontent
OpisPregled struktura sadržanih u Proteinskoj banci podataka
Tipovi podatakaProtein structures
Organizamall
Kontakt
Istraživački centarEBI
AutoriRoman Laskovski
Primarni citatPMID 9433130
Pristup
Veb stranicaPDBsumn
Alati
Razno
Obeležavajuća etiketada

Svaka struktura u PDBsum bazi podataka uključuje sliku strukture, molekulske komponente sadržane u kompleksu, reakcioni dijagram enzima (po potrebi), ontologiju gena funkcionalne anotacije, Pfam anotaciju 1D sekvence i InterPro klasifikaciju domena, opis vezanih molekula, grafik koji prikazuje interakcije između proteina i sekundarne strukture, šematske dijagrame protein-protein interakcija, analizu otvora prisutnih unutar strukture i veze ka spoljašnjim bazama podataka.

ReferenceУреди

  1. ^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (1997). „PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures”. Trends Biochem. Sci. 22 (12): 488—90. PMID 9433130. 
  2. ^ Laskowski, RA (2001). „PDBsum: summaries and analyses of PDB structures”. Nucleic Acids Res. 29 (1): 221—2. PMC 29784 . PMID 11125097. doi:10.1093/nar/29.1.221. 
  3. ^ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (2005). „PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D266—8. PMC 539955 . PMID 15608193. doi:10.1093/nar/gki001. 
  4. ^ Laskowski, RA (2009). „PDBsum new things”. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D355—9. PMC 2686501 . PMID 18996896. doi:10.1093/nar/gkn860. 

Vidi jošУреди

Spoljašnje vezeУреди