Псеудочвор
Псеудочвор је секундарна структура нуклеинских киселина која се састоји од бар две структуре матичних петљи при чему је половина једне петље интеркалирана између половина друге. Псеудочвор је иницијално препознат у жутом мозаичном вирусу репе 1982.[2] Псеудочворови се савијају у тродимензионалне конформације с обликом чвора, мада они нису прави тополошки чворови.
Предвиђање и идентификација уреди
Структурна конфигурација псеудочворова није подесна за биорачунарску детекцију због своје контекстне сензитивности или “преклапајуће” природе. Упаривање база у псеудочворовима је непотпуно; другим речима, постоје базни парови који се међусобно преклапају у секвентној позицији. То отежава предвиђање присуства псеудочворова у РНК секвенцама путем стандардних метода динамичким програмирањем, који користе рекурзивну систем вредновања при идентификацији упарених ланаца и консеквентно, већина њих не може да детектује базне парове који нису угнеждени. Новији метод стохастичке безконтекстне граматике има исти проблем. Стога, популарни методи за предвиђање секундарне струјтуре као што су Мфолд[3] и Пфолд[4] не налазе структуре псеудочвора присутне у упитној секвенци; они једино идентификују стабилнију од две псеудочворне петље.
Могуће је идентификовати ограничену класу псеудочворова користећи динамичко програмирање, мада ти методи нису исцрпни и мање су применљиви на дуже секвенце од непсеудочворовних алгоритама.[5][6] Општи проблем предвиђања псеудочворне структуре са најнижом слободном енергијом је НП-комплетно.[7][8]
Биолошки значај уреди
Неколико важних биолошких процеса је зависно од РНК молекула који формирају псеудочворове, који обично имају ектензивну терцијарну структуру. На пример, псеудочворни регион РНазе П је један од највише конзервираних елемената током еволуције. РНК компонента теломеразе садржи псеудочвор који је критичан за активност,[1] и неколико вируса користи структуру псеудочвора за формирање мотива сличног тРНК за инфилтрацију ћелија домаћина.[9]
Референце уреди
- ^ а б Цхен ЈЛ, Греидер ЦW. (2005). "Фунцтионал аналyсис оф тхе псеудокнот струцтуре ин хуман теломерасе РНА". Проц Натл Ацад Сци УСА 102(23): 8080–5.
- ^ Стапле ДW, Бутцхер СЕ (2005). „Псеудокнотс: РНА струцтурес wитх диверсе фунцтионс”. ПЛоС Биол. 3 (6): е213. ПМЦ 1149493
. ПМИД 15941360. дои:10.1371/јоурнал.пбио.0030213. Приступљено 2010-07-15.
- ^ „Мфолд”. Архивирано из оригинала 26. 04. 2006. г. Приступљено 11. 12. 2016.
- ^ „Пфолд”. Архивирано из оригинала 10. 05. 2012. г. Приступљено 11. 12. 2016.
- ^ Ривас Е, Еддy С. (1999). "А дyнамиц программинг алгоритхм фор РНА струцтуре предицтион инцлудинг псеудокнотс". Ј Мол Биол 285(5): 2053–2068.
- ^ Диркс, Р.M. Пиерце Н.А. (2004) Ан алгоритхм фор цомпутинг нуцлеиц ацид басе-паиринг пробабилитиес инцлудинг псеудокнотс. "Ј Цомпутатион Цхемистрy". 25:1295-1304, 2004.
- ^ Лyнгсø РБ, Педерсен ЦН. (2000). "РНА псеудокнот предицтион ин енергy-басед моделс". Ј Цомпут Биол 7(3–4): 409–427.
- ^ Лyнгсø, Р. Б. (2004). Цомплеxитy оф псеудокнот предицтион ин симпле моделс. Папер пресентед ат тхе ИЦАЛП.
- ^ Плеиј ЦW, Риетвелд К, Босцх L (1985). „А неw принципле оф РНА фолдинг басед он псеудокноттинг.”. Нуцлеиц Ацидс Рес. 13 (5): 1717—31. ПМЦ 341107 . ПМИД 4000943. дои:10.1093/нар/13.5.1717.
