LIM domeni su proteinski strukturni domeni, koji se sastoje od dva susedna domena cinkovog prsta, razdvojena sa dve hidrofobne aminokiseline.[1] Oni su dobili ime po njihovom otkriću u proteinima Lin11, Isl-1 i Mec-3.[2] Pokazano je da proteini koji sadrže LIM domen učestvuju u citoskeletalnoj organizaciji, razvoju organa i onkogenezi. LIM domeni posreduju protein-protein interakcije koje su kritične za ćelijske procese.

LIM domen
Lims.png
Strukture LIM domena iz Pinč proteina. Atomi cinka su prikazani sivo.
Identifikatori
SimbolLIM
PfamPF00412
InterProIPR001781
PROSITEPDOC50178
SCOP1ctl
SUPERFAMILY1ctl

LIM domeni imaju visoko divergentne sekvence, izuzev pojedinih ostataka. Divergencija sekvenci omogućava postojanje mnoštva različitih mesta vezivanja u istom osnovnom domenu. Konzervirani ostaci učestvuju u vezivanju cinka ili su hidrofobna osnova proteina. LIM domeni imaju sledeću sekvencu:

[C]-[X]2-4-[C]-[X]13-19-[W]-[H]-[X]2-4-[C]-[F]-[LVI]-[C]-[X]2-4-[C]-[X]13-20-C-[X]2-4-[C]

Organizacija Lim domena

LIM domeni se često javljaju u umnošcima, kao što je to slučaj kod proteina TES i LMO4. Oni takođe mogu da budu vezani za druge domene, čime se omogučava vezivanje i sortiranje, npr. LIM kinaze.

ReferenceУреди

  1. ^ Kadrmas JL, Beckerle MC (2004). „The LIM domain: from the cytoskeleton to the nucleus”. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 5 (11): 920—31. PMID 15520811. doi:10.1038/nrm1499. 
  2. ^ Bach I (2000). „The LIM domain: regulation by association”. Mech. Dev. 91 (1–2): 5—17. PMID 10704826. doi:10.1016/S0925-4773(99)00314-7.