Хеликс-завој-хеликс

У протеинима, хеликс-завој-хеликс (ХТХ) је главни структурни мотив са способношћу везивања за ДНК. Он се састоји од два α хеликса спојена кратким ланцом аминокиселина. Присутан је у многим протеинима који регулишу експресију гена. Он се разликује од домена хеликс-петља-хеликс.[1]

λ репресор бактериофага ламбда користи хеликс-завој-хеликс (лево; зелено) да се веже за ДНК (десно; плаво и црвено).

Откриће уреди

Откриће хеликс-завој-хеликс мотива је било базирано на сличностима између неколико гена који корирају транскрипционе регулаторне протеине из бактериофага ламбда и Escherichia coli: Cro, CAP, и λ репресор, за које је најђено да имају заједничку 20-25 аминокиселина дугу секвенцу која омогућава ДНК препознавање.[2][3][4][5]

Референце уреди

  1. ^ Бреннан РГ, Маттхеwс БW (1989). „Тхе хелиx-турн-хелиx ДНА биндинг мотиф.”. Ј Биол Цхем. 264 (4): 1903—6. ПМИД 2644244. 
  2. ^ Маттхеwс БW, Охлендорф ДХ, Андерсон WФ, Такеда Y (1982). „Струцтуре оф тхе ДНА-биндинг регион оф лац репрессор инферред фром итс хомологy wитх цро репрессор.”. Проц Натл Ацад Сци У С А. 79 (5): 1428—32. ПМЦ 345986 . ПМИД 6951187. 
  3. ^ Андерсон WФ, Охлендорф ДХ, Такеда Y, Маттхеwс БW (1981). „Струцтуре оф тхе цро репрессор фром бацтериопхаге ламбда анд итс интерацтион wитх ДНА.”. Натуре. 290 (5809): 754—8. ПМИД 6452580. 
  4. ^ МцКаy ДБ, Стеитз ТА (1981). „Струцтуре оф цатаболите гене ацтиватор протеин ат 2.9 А ресолутион суггестс биндинг то лефт-хандед Б-ДНА.”. Натуре. 290 (5809): 744—9. ПМИД 6261152. 
  5. ^ Пабо ЦО, Леwис M (1982). „Тхе оператор-биндинг домаин оф ламбда репрессор: струцтуре анд ДНА рецогнитион.”. Натуре. 298 (5873): 443—7. ПМИД 7088190. 

Литература уреди

Види још уреди

Спољашње везе уреди

Хеликс-завој-хеликс домени
Бактеријски регулаторни хеликс-завој-хеликс протеин, lysR фамилија
Идентификатори
СимболХТХ_1
ПфамПФ00126
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР000847
ПРОСИТЕПДОЦ00043
СЦОП1ал3
СУПЕРФАМИЛY1ал3
ХТХ ДНА везујући домен
Идентификатори
СимболХТХ_10
ПфамПФ04967
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР007050
Рибонуклеазни Р хеликсни домен
Идентификатори
СимболХТХ_12
ПфамПФ08461
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР013668
ХТХ ДНА везујући домен
Идентификатори
СимболХТХ_13
ПфамПФ11972
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР021068
Хеликс-завој-хеликс
Идентификатори
СимболХТХ_3
ПфамПФ01381
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР001387
СЦОП1р69
СУПЕРФАМИЛY1р69
Бактеријски регулаторни протеин, arsR фамилија
Идентификатори
СимболХТХ_5
ПфамПФ01022
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР001845
ПРОСИТЕПДОЦ00661
СЦОП1смт
СУПЕРФАМИЛY1смт
Хеликс-завој-хеликс домен, rpiR фамилија
Идентификатори
СимболХТХ_6
ПфамПФ01418
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР000281
Хеликс-завој-хеликс домен резолвазе
Идентификатори
СимболХТХ_7
ПфамПФ02796
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР006120
ПРОСИТЕПДОЦ00334
СЦОП1хцр
СУПЕРФАМИЛY1хцр
Бактеријски регулаторни протеин, Fis фамилија
Идентификатори
СимболХТХ_8
ПфамПФ02954
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР002197
СЦОП1ф36
СУПЕРФАМИЛY1ф36
РНА полимераза III подјединица RPC82 хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_9
ПфамПФ08221
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР013197
Бактеријски регулаторни хеликс-завој-хеликс протеини, AraC фамилија
Идентификатори
СимболХТХ_АраЦ
ПфамПФ00165
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР000005
ПРОСИТЕПДОЦ00040
СЦОП1бл0
СУПЕРФАМИЛY1бл0
CodY хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_ЦодY
ПфамПФ08222
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР013198
DeoR сличан хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_ДеоР
ПфамПФ08220
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР001034
ПРОСИТЕПДОЦ00696
СЦОП1лк5
СУПЕРФАМИЛY1лк5
IclR хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_ИцлР
ПфамПФ09339
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР005471
M протеин транс делујући позитивни регулатор (MGA) ХТХ домен
Идентификатори
СимболХТХ_Мга
ПфамПФ08280
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР013199
Хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_ОрфБ_ИС605
ПфамПФ12323
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР021027
Хеликс-завој-хеликс Psq домен
Идентификатори
СимболХТХ_псq
ПфамПФ05225
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР007889
Транспосаза
Идентификатори
СимболХТХ_Тнп_1
ПфамПФ01527
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР002514
Транспосаза
Идентификатори
СимболХТХ_Тнп_ИС630
ПфамПФ01710
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР002622
Ми ДНК везујући домен
Идентификатори
СимболХТХ_Тнп_Му_1
ПфамПФ02316
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР003314
СЦОП1qпм
СУПЕРФАМИЛY1qпм
Ми ДНК Везујући, I гама поддомен
Идентификатори
СимболХТХ_Тнп_Му_2
ПфамПФ09039
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР015126
Транспосаза
Идентификатори
СимболХТХ_Тнп_Тц3_2
ПфамПФ01498
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР002492
СЦОП1тц3
СУПЕРФАМИЛY1тц3
Тц5 транспосаза ДНА везујући домен
Идентификатори
СимболХТХ_Тнп_Тц5
ПфамПФ03221
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР004906
Регулатор спорулације, WhiA C терминусни домен
Идентификатори
СимболХТХ_WхиА
ПфамПФ02650
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР003802
Хеликс-завој-хеликс домен алкил меркури лиазе
Идентификатори
СимболХТХ_15
ПфамПФ12324
Пфам кланЦЛ0123
Хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_16
ПфамПФ12645
Пфам кланЦЛ0123
Хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_17
ПфамПФ12728
Пфам кланЦЛ0123
Хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_18
ПфамПФ12833
Пфам кланЦЛ0123
Хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_19
ПфамПФ12844
Пфам кланЦЛ0123
Хеликс-завој-хеликс домен
Идентификатори
СимболХТХ_20
ПфамПФ12840
Пфам кланЦЛ0123
InsA C-терминусни домен
Идентификатори
СимболХТХ_Тнп_ИС1
ПфамПФ12759
Пфам кланЦЛ0123
Хеликс-завој-хеликс домен транспосазе ИС66
Идентификатори
СимболХТХ_Тнп_ИС66
ПфамПФ13005
Пфам кланЦЛ0123
ХТХ домен
Идентификатори
СимболХТХ_11
ПфамПФ08279
Пфам кланЦЛ0123
ИнтерПроИПР013196
Tc3 транспосаза
Идентификатори
СимболХТХ_Тнп_Тц3_1
ПфамПФ11427
Пфам кланЦЛ0123