Секвенцирање вирусних нуклеинских киселина
Секвенцирање вирусних нуклеинских киселина једна је од дијагностичких метода у медицинској вирусологији која се обично врши непосредно после амплификације продукта ланчане реакције полимеразе.[1]
Намена у медицинској вирусологији уреди
Секвенцирање вирусних нуклеинских киселина која се користи у медицинској вирусологији има намену за:[2]
Генотипизације вируса — одређивања корелације између генетских типова с једне стране и фенотипова вируса с друге стране. То је од значаја за имунопрофилаксу, терапију и прогнозу вирусних обољења.
Утврђивања филогенетских односа — између вирусних изолата ради епидемиолошког откривања и праћења извора, резервоара, путева и начина ширења вирусних инфекција.[3]
Функционалне карактеризације одређених вирусних секвенци — што је од значаја у изучавању патогенезе вирусних инфекција и синтезе антивирусних лекова.
Примена уреди
У дијагностичкој вирусологији главна примена методе секвенцирања вирусних нуклеинских киселина је у испитивању резистенције на антивирусне лекове који се користе у лечењу болесника са ХИВ инфекцијом.
Техника и тестови уреди
Детекција мутација које су одговорне за појаву резистенције врши се директно из плазме пацијента.
До данас је развијено више метода одређивања секвенци ДНК. Раније је то било велики и скуп подухват, док се модерним методама секвенцирање одвија скоро аутоматски.[4] Две најзначајније методе ДНК секвенцирања су:
Фредерик Сангер техника — која елегантно користи природни ток репликације као узорак за секвенцирање, и она је још увек доминантно присутна.
Максим-Гилберт техника — која се у принципу базира на хемијском разлагању појединих база, и у данашње време се ређе користи.
У новије време се појавила метода пиросеквенцирања, која нуди могућност убрзаног секвенцирања путем високопаралелне активности.
Тренутно доступни комерцијални тестови данас се користе за детекцију мутација одговорних за резистенцију на анти-вирусне лекове за хумани цитомегаловирус (CMV), варичела зоостер вирус (ВЗВ), херпес симплекс вируса (ХСВ), хепатитис C вирус (ХЦВ) и хепатитис Б вирус (ХБВ).[5]
Недостатак уреди
Основни недостатак генотипских есеја је да се њима може детектовати само резистенција узрокована познатим мутацијама.[6]
Извори уреди
- ^ Невена Арсеновић-Ранин, Марина Миленковић, Зорица Стојић-Вуканић, Имунолошке и молекуларне технике у лабораторијској дијагностици вирусних инфекција, Арх.фарм. 2010;60: 1256 – 1273 пп. 1266
- ^ Мурраy ПР, Wитебскy ФГ. Тхе Цлинициан анд тхе Мицробиологy Лабораторy. Ин: Манделл, Доуглас анд Беннетт´с принциплес анд працтице оф инфецтиоус дисеасес, едс. Гералд L. Манделл, Јохн Е. Беннетт, Рапхаел Долин. 7тх ед., Цхурцхилл Ливингстоне Елсевиер, 2010: 233-65.
- ^ Станков С. Развој и значај компаративне секвенцијске анализе у медицинској вирусологији. Мед Прегл 2006; LIX (3-4): 138-42.
- ^ „Геноме Сеqуенцинг”. Приступљено 9. 3. 2020.
- ^ Форман МС, Валсамакис А. Специмен Цоллецтион, Транспорт, анд Процессинг: Вирологy. Ин : Мурраy ПР, Барон Е, Јоргенсен ЈХ, Пфаллер МА, Yолкен РХ. Мануал оф Цлиницал Мицробиологy. 8тх ед. АСМ ПРЕСС Wасхингтон D.C., 2003:1227-41.
- ^ Wинн W, Аллен С, Јанда W, Конеман Е, Процоп Г, Сцхрецкенбергер П, Wоодс Г. Конеман'с Цолор Атлас анд Теxтбоок оф Диагностиц Мицробиологy. 6тх ед. Липпинцотт Wиллиамс & Wилкинс, 2006.
Литература уреди
- Крстић, L. (2000) Медицинска вирусологија. Београд: аутор, друго издање
- Рабенау, Х.Ф., Кесслер, Х.Х., Кортенбусцх, M., Стеинхорст, А., Раггам, Р.Б., Бергер, А. (2007) Верифицатион анд валидатион оф диагностиц лабораторy тестс ин цлиницал вирологy. Јоурнал оф цлиницал вирологy, 40(2): 93-8
Спољашње везе уреди
 | Молимо Вас, обратите пажњу на важно упозорење у вези са темама из области медицине (здравља). |
