Sekvenciranje virusnih nukleinskih kiselina
Sekvenciranje virusnih nukleinskih kiselina jedna je od dijagnostičkih metoda u medicinskoj virusologiji koja se obično vrši neposredno posle amplifikacije produkta lančane reakcije polimeraze.[1]
Namena u medicinskoj virusologiji уреди
Sekvenciranje virusnih nukleinskih kiselina koja se koristi u medicinskoj virusologiji ima namenu za:[2]
Genotipizacije virusa — određivanja korelacije između genetskih tipova s jedne strane i fenotipova virusa s druge strane. To je od značaja za imunoprofilaksu, terapiju i prognozu virusnih oboljenja.
Utvrđivanja filogenetskih odnosa — između virusnih izolata radi epidemiološkog otkrivanja i praćenja izvora, rezervoara, puteva i načina širenja virusnih infekcija.[3]
Funkcionalne karakterizacije određenih virusnih sekvenci — što je od značaja u izučavanju patogeneze virusnih infekcija i sinteze antivirusnih lekova.
Primena уреди
U dijagnostičkoj virusologiji glavna primena metode sekvenciranja virusnih nukleinskih kiselina je u ispitivanju rezistencije na antivirusne lekove koji se koriste u lečenju bolesnika sa HIV infekcijom.
Tehnika i testovi уреди
Detekcija mutacija koje su odgovorne za pojavu rezistencije vrši se direktno iz plazme pacijenta.
Do danas je razvijeno više metoda određivanja sekvenci DNK. Ranije je to bilo veliki i skup poduhvat, dok se modernim metodama sekvenciranje odvija skoro automatski.[4] Dve najznačajnije metode DNK sekvenciranja su:
Frederik Sanger tehnika — koja elegantno koristi prirodni tok replikacije kao uzorak za sekvenciranje, i ona je još uvek dominantno prisutna.
Maksim-Gilbert tehnika — koja se u principu bazira na hemijskom razlaganju pojedinih baza, i u današnje vreme se ređe koristi.
U novije vreme se pojavila metoda pirosekvenciranja, koja nudi mogućnost ubrzanog sekvenciranja putem visokoparalelne aktivnosti.
Trenutno dostupni komercijalni testovi danas se koriste za detekciju mutacija odgovornih za rezistenciju na anti-virusne lekove za humani citomegalovirus (CMV), varičela zooster virus (VZV), herpes simpleks virusa (HSV), hepatitis C virus (HCV) i hepatitis B virus (HBV).[5]
Nedostatak уреди
Osnovni nedostatak genotipskih eseja je da se njima može detektovati samo rezistencija uzrokovana poznatim mutacijama.[6]
Izvori уреди
- ^ Nevena Arsenović-Ranin, Marina Milenković, Zorica Stojić-Vukanić, Imunološke i molekularne tehnike u laboratorijskoj dijagnostici virusnih infekcija, Arh.farm. 2010;60: 1256 – 1273 pp. 1266
- ^ Murray PR, Witebsky FG. The Clinician and the Microbiology Laboratory. In: Mandell, Douglas and Bennett´s principles and practice of infectious diseases, eds. Gerald L. Mandell, John E. Bennett, Raphael Dolin. 7th ed., Churchill Livingstone Elsevier, 2010: 233-65.
- ^ Stankov S. Razvoj i značaj komparativne sekvencijske analize u medicinskoj virusologiji. Med Pregl 2006; LIX (3-4): 138-42.
- ^ „Genome Sequencing”. Приступљено 9. 3. 2020.
- ^ Forman MS, Valsamakis A. Specimen Collection, Transport, and Processing: Virology. In : Murray PR, Baron E, Jorgensen JH, Pfaller MA, Yolken RH. Manual of Clinical Microbiology. 8th ed. ASM PRESS Washington D.C., 2003:1227-41.
- ^ Winn W, Allen S, Janda W, Koneman E, Procop G, Schreckenberger P, Woods G. Koneman's Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology. 6th ed. Lippincott Williams & Wilkins, 2006.
Literatura уреди
- Krstić, L. (2000) Medicinska virusologija. Beograd: autor, drugo izdanje
- Rabenau, H.F., Kessler, H.H., Kortenbusch, M., Steinhorst, A., Raggam, R.B., Berger, A. (2007) Verification and validation of diagnostic laboratory tests in clinical virology. Journal of clinical virology, 40(2): 93-8
Spoljašnje veze уреди
 | Molimo Vas, obratite pažnju na važno upozorenje u vezi sa temama iz oblasti medicine (zdravlja). |
