Toksikogenomika

Toksikogenomika je naučno polje koje se bavi sakupljanjem, interpretacijom, i čuvanjem informacija o genskoj i proteinskoj aktivnosti u okviru ćelije ili tkiva jednog organizma u odgovoru na toksične substance. Toksikogenomika kombinuje toksikologiju sa genomikom i drugim visoko protočnim tehnologijama za molekularno profiliranje, kao što su transkriptomika, proteomika i metabolomika.^[1]^[2] Toksikogenomika nastoji da osvetli molekularne mehanizme koji su evoluirali kao izraz toksičnosti, i da formuliše obrasce molekularnog izražavanja (i.e., molekularne biomarkere) radi predviđanja toksičnosti ili genetičke susceptibilnosti na nju.

U farmaceutskim istraživanjima toksikogenomika se definiše kao izučavanje strukture i funkcije genoma u odgovoru na nepoželjno ksenobiotsko izlaganje. Ona je toksilološka potdisciplina farmakogenomike, koja je široko definisana kao izučavanje inter-individualnih varijacija celog genoma ili kandidatove genske mape jednonukleotidnih polimorfizama, haplotipnih markera, i alteracija ekspresije gena, koja potencijalno može da bude u korelaciji sa responsom na lek (Lesko and Woodcock 2004, Lesko et al. 2003). Mada se termin toksikogenomika prvi put pojavio u literaturi 1999. godine (Nuwaysir et al.) on je već ušao u široku primenu u farmaceutskoj industriji. Termin još uvek nije univerzalno prihvaćen, i postoji više alternativa, kao što je hemogenomika, kojim se esencijalno opisuje ista oblast (Fielden et al., 2005).

Priroda i kompleksnost podataka (njihov obim i varijabilnost) stvaraju potrebu za visoko razvijenim procesima automatskog rukovanja i skladištenja. Analiza obično podrazumeva primenu širokog spektra of bioinformatičkih i statističkih pristupa.^[3] Jedan od stalno korištenih metoda je statistička klasifikacija.^[4]

Reference

^ The National Academies Press: Communicating Toxicogenomics Information to Nonexperts: A Workshop Summary (2005)
^ ed. by Hisham K. Hamadeh; Cynthia A. Afshari. (2004). Hamadeh HK, Afshari CA, ур. Toxicogenomics: Principles and Applications. Hoboken, NJ: Wiley-Liss. ISBN 978-0-471-43417-7.
Omenn GS (2004). „Toxicogenomics: Principles and Applications”. Environ Health Perspect. 112 (16): A962. PMC 1247673  .
^ Mattes WB, Pettit SD, Sansone SA, Bushel PR, Waters MD (2004). „Database development in toxicogenomics: issues and efforts”. Environ. Health Perspect. 112 (4): 495—505. PMC 1241904  . PMID 15033600. doi:10.1289/ehp.6697. Архивирано из оригинала 04. 07. 2008. г. Приступљено 06. 11. 2013.
^ Ellinger-Ziegelbauer H, Gmuender H, Bandenburg A, Ahr HJ (2008). „Prediction of a carcinogenic potential of rat hepatocarcinogens using toxicogenomics analysis of short-term in vivo studies”. Mutat. Res. 637 (1–2): 23—39. PMID 17689568. doi:10.1016/j.mrfmmm.2007.06.010.

Vidi još

Spoljašnje veze

Comparative Toxicogenomics Database - a public database that integrates toxicogenomic data for chemicals, genes, and diseases from the scientific literature.
Center for Research on Occupational and Environmental Toxicology definition by the CROET Research Centers: (Neuro)toxicogenomics and Child Health Research Center.
InnoMed PredTox - official project website

[1] The National Academies Press: Communicating Toxicogenomics Information to Nonexperts: A Workshop Summary (2005)

[2] . by Hisham K. Hamadeh; Cynthia A. Afshari. (2004). Hamadeh HK, Afshari CA, ур. Toxicogenomics: Principles and Applications. Hoboken, NJ: Wiley-Liss. ISBN 978-0-471-43417-7.
Omenn GS (2004). „Toxicogenomics: Principles and Applications”. Environ Health Perspect. 112 (16): A962. PMC 1247673  .

[3] Mattes WB, Pettit SD, Sansone SA, Bushel PR, Waters MD (2004). „Database development in toxicogenomics: issues and efforts”. Environ. Health Perspect. 112 (4): 495—505. PMC 1241904  . PMID 15033600. doi:10.1289/ehp.6697. Архивирано из оригинала 04. 07. 2008. г. Приступљено 06. 11. 2013.

[4] Ellinger-Ziegelbauer H, Gmuender H, Bandenburg A, Ahr HJ (2008). „Prediction of a carcinogenic potential of rat hepatocarcinogens using toxicogenomics analysis of short-term in vivo studies”. Mutat. Res. 637 (1–2): 23—39. PMID 17689568. doi:10.1016/j.mrfmmm.2007.06.010.

[1]

[2]

[3]

[4]