Википедија

Геномика

област молекуларне биологије
DNA orbit animated.gif

Геномика је област молекуларне биологије која се бави проучавањем структуре, функције, организације, еволуције и мапирања генома. Геном представља комплетан сет наследне информације неког организма и такође се дефинише као укупна ДНК хаплоидног сета хромозома.[1] За разлику од генетике, која се бави проучавањем структуре појединачних гена и њихове улоге у наслеђивању, геномика има за циљ колективну карактеризацију и квантификацију свих гена организма, њихове међусобне везе и утицај на организам, као и анализу осталих функционалних елемената генома попут регулаторних региона итд.[2][3]

Геномика укључује и анализу генома употребом секвенцирања ДНК и биоинформатике.[4][5] Напредак у геномици покренуо је револуцију у различитим истраживањима и системској биологији са идејом да се олакша разумевање чак и најсложенијих биолошких система као што је мозак.[6]

Област укључује студије интрагеномских (унутар генома) феномена као што су епистаза (утицај једног гена на други), плејотропија (појава да један ген утиче на више особина), хетероза и друге интеракције између локуса и алела унутар генома.[7]

Геномика доживљава процват преласком из 20. у 21. век када се одређује примарна структура (мапа) људског генома (2003), тачно 50 година од открића структуре ДНК од стране Вотсона и Крика.

Уско је повезана са биотехнологијом и компјутерским технологијама.

ИсторијатУреди

ЕтимологијаУреди

Реч Ген потиче из Грчког језика, ΓΕΝ[8] gen, „gene“ (гама, епсилон, ну, епсилон) што у преводу значи „постојати, стварати, стварање, рађати”, а додатне верзије речи су: генеалогија, генеза, генетика, генотип, род итд. Реч Геном (од немачке речи Genom, која се приписује Хансу Винклеру) била је у употреби у енглеском језику још 1926. године.[9] Термин геномика је смислио Том Родерик, генетичар из Џексонове лабораторије (Бар Харбор, Мејн), на састанку одржаном поводом мапирања хуманог генома у Мериленду 1986. године.[10]

Историјат секвенцирањаУреди

Фредерик Сангер, добитник Нобелове награде за утврђивање секвенце аминокиселина у инсулину, је заједно са колегама одиграо кључну улогу у развоју техника секвенцирања ДНК.[7] Године 1975., Алан Колсон и Сангер су објавили поступак секвенцирања помоћу ДНК полимеразе и радиоактивно обележених нуклеотида. Технику су назвали „Плус и Минус техника”.[11][12] Ова техника је укључивала две сродне методе које су генерисале кратке олигонуклеотиде са дефинисаним 3' крајевима. Олигонулкеотиди се даље могу фракционисати електрофорезом на полиакриламидном гелу (тзв. електрофореза у полиакриламидном гелу) и визуализовати помоћу ауторадиографије. Овим поступком је било могуће секвенцирати секвенцу дугу до 80 нуклеотида у једном потезу, што је било велико побољшање, али је и даље био временски веома напоран процес. Ипак, 1977. године је Сангерова група успела да секвенцира већину од 5.386 нуклеотида једноланчаног бактериофага φКс174.[13] Тиме су комплетирали и секвенцирали први геном. Усавршавање методе Плус и Минус резултирало је Сангеровом методом, која је постала база техника секвенцирања ДНК, мапирања генома, складиштења података и биоинформатичких анализе које су широко коришћене у наредних 25 година у науци.[14][15]

Комплетни геномиУреди

 
Број геномских пројеката се повећао услед технолошких побољшања која су довела до смањења трошкова секвенцирања. (А) Експоненцијални раст база података о секвенцама генома од 1995. (Б) Трошкови у америчким доларима (енгл. USD) за секвенцирање једног милиона база. (Ц) Трошкови у USD за секвенцирање генома од 3.000 Mb на логаритамски трансформисаној скали.

Појава различитих технологија секвенцирања резултирала је брзим напретком и коначним завршетком пројеката секвенцирања генома. Први комплетно секвенциран геном еукариотске органеле, митохондрије човека (16.568 бп, око 16,6 кб [килобаза]), пријављен је 1981. године[16], а први секвенцирани геноми хлоропласта уследили су 1986. године.[17][18] Године 1992. године секвенциран је први еукариотски хромозом, хромозом пивског квасца Saccharomyces cerevisiae (315 кб).[19] Први слободноживећи организам који је секвенциран била је бактерија Haemophilus influenzae (1,8 Мб) 1995. године.[20] Од тада број секвенцираних генома расте експоненцијално.[21]

Већина микроорганизама чији су геноми потпуно секвенцирани су патогени, као што је између осталог и Haemophilus influenzae.[22][23] Од осталих врста које су секвенциране, већина је изабрана јер су били добро проучени организми или се претпоставило да ће постати добри модел организми попутː квасац (лат. Saccharomyces cerevisiae) је дуго био важан модел организам еукариотске ћелије, док је винска мушица Drosophila melanogaster била врло важан модел организам нарочито у раној пре-молекуларној генетици; ваљкасти црв Caenorhabditis elegans је често коришћен модел за проучавање вишећелијских организама; Danio rerio (зебрица) користи се за многа истраживања развића на молекуларном нивоу, а биљка Arabidopsis thaliana је модел организам за цветнице; пас (лат. Canis lupus familiaris)[24], смеђи пацов (Rattus norvegicus), миш (лат. Mus musculus) и шимпанза (лат. Pan troglodytes) су све значајне животиње, модел организми, у медицинским истраживањима.[25]

Груби нацрт људског генома добијен је током пројекта људског генома почетком 2001. године.[26] Током овог пројекта, који је завршен 2003. године, секвенциран је читав геном једне одређене особе, а до 2007. секвенца је проглашена „завршеном“ са мање од једне грешке у 20.000 база.[26] У годинама од тада, секвенцирани су геноми многих других појединаца, делимично под покровитељством Пројекта 1000 генома, који је најавио секвенцирање 1.092 генома у октобру 2012.[27] Завршетак овог пројекта омогућен је развојем ефикаснијих технологија секвенцирања и захтевао је посвећеност значајних ресурса биоинформатике из велике међународне сарадње.[28]

Револуција „Омика“Уреди

 
Шема која показује однос између генома, транскриптома, протеома и метаболома.

Омика, ера која је започела крајем 20. века обухвата нове технологије и бави се односом, улогом и механизмима деловања различитих типова молекула попут РНК, ДНК, протеина, метаболита итд. у ћелији неког организма. Развој различитих Омика повезан је са развојем биоинформатике и информационих технологија које омогућавају анализу, складиштење, обраду и интерпретацију велике количине података добијених у експериментима. Постоји неколико десетина различитих поља истраживања у оквиру Омика, а најзначајнија за молекуларну биологију су геномика, транскриптомика (бави се проучавањем транскриптома—скупа свих транскрипата у ћелији у неком датом тренутку), протеомика (бави се проучавањем протеома—скупа свих протеина у ћелији у неком датом тренутку), метаболомика (проучава све молекуле укључене у метаболизам ћелије) и феномика (бави се проучавањем фенома—скупа свих фенотипских карактеристика једног организма). Посебно је битан однос између поменутих „омика”—геном је носилац информације за догађаје у ћелији, транскриптом одражава оно што се дешава, протеомика говори о томе шта је узрок тих дешавања док метаболомика пружа одговор о догађајима који су се десили у ћелији. На самом крају односа је феномика која анализира све ефекте које су те промене на нивоу ћелије оствариле на фенотип.[29]

Осим поменутих „омика” током година су се развиле и специјализоване гране попут нутригеномике, персоналне геномике, miRNomika итд.[29]

Анализа геномаУреди

Анализа генома укључује три процеса: секвенцирање ДНК, састављање (асемблирање) секвенце да би се створио приказ оригиналног хромозома и анотација и анализа података.[7]

СеквенцирањеУреди

Секвенцирање се првобитно вршило у великим центрима са скупом потребном инструментацијом и техничком подршком. Како се технологија секвенцирања и даље побољшава, нова генерација ефикасних брзих секвенцера омогућава секвенцирање и у просечним академским лабораторијама.[30][31] Приступи секвенцирању генома могу се поделити у две широке категоријеː насумично секвенцирање (енгл. shotgun) и високопропусно (или секвенцирање нове генерације - NGS) секвенцирање.[7]

Насумично секвенцирањеУреди

 
Апарат за секвенцирање ABI PRISM 3100.

Насумично секвенцирање је метода секвенцирања дизајнирана за анализу секвенци ДНК дужих од 1000 базних парова, укључујући и читаве хромозоме.[32] Названа је по аналогији са брзим испаљивањем хитаца из сачмарице. Сам процес укључује насумично фрагментисање ДНК молекула до фрагмената малих дужина, и до неколико кб. Фрагменти се даље клонирају у плазмидним векторима, а потом и секвенцирају.[33] Након неколико рунди фрагментисања и секвенцирања добијају се вишеструка очитавања која се преклапају. Насумичне секвенце се даље анализирају помоћу одређених програма и алгоритама за претраживање преклапајућих секвенци.[32][34] Овакво секвенцирање је погодно за анализу мањих генома, попут прокариотских генома.[33]

Током већег дела своје историје, технологија заснована на насумичном секвенцирању била је класична метода прекида ланца или Сангерова метода, која се заснива на селективном укључивању дидеоксинуклеотида који се додају на крај ДНК фрагмента помоћу ДНК полимеразе током in vitro репликације ДНК.[13][35] Дидеоксинуклеотидима недостаје 3'-OH група потребна за формирање фосфодиестерске везе између два нуклеотида, што доводи до тога да ДНК полимераза престаје са синтетисањем ДНК молекула након њихове уградње. Могу бити радиоактивно или флуоресцентно обележени што је потребно за детектовање у ДНК секвенаторима.[7] Типично, ове машине могу секвенцирати до 96 узорака ДНК у једној серији у до 48 циклуса дневно.[36]

Данас је насумично секвенцирање све чешће замењено са новим, високопропусним методама секвенцирања. Међутим, Сангерова метода остаје и даље у широкој употреби, пре свега за пројекте мањег обима и за добијање нарочито дугих секвенци ДНК (> 500 нуклеотида).[37]

Секвенцирање применом технологија нове генерацијеУреди

 
Illumina Genome Analyzer II систем апарат. Illumina технологија је поставила стандарде за масовно, паралелно секвенцирање са великом пропусношћу.

Велика потреба за нижим трошковима секвенцирања покренула је развој технологија које би омогућиле паралелно секвенцирање са коначним производом од хиљаде или милиона секвенци одједном.[38][39] Циљ је био да се оваквим секвенцирањем умање трошкови у односу на класичне методе. Код оваквог секвенцирања је могуће да се обави истовремено̠̟/паралелно чак 500,000 операција/кругова (енгл. run).[40][41] 

Illumina секвенцирање је технологија која се заснива на коришћењу обојених, реверзибилних терминатора. Развијена је 1996. године на Институту за биомедицинска истраживања у Женеви од стране Паскала Мајера и Лаурента Фаринелија.[42] Кораци у овој методи јесу фрагментисање молекула ДНК и везивања адаптера за крајеве фрагмената. Фрагменти се затим наливају на стаклене проточне ћелије на којима се налази велики број олигонуклеотида који су комеплементарни адаптерима за које се и везују. Оба адаптера хибридузују са олигонукеотидима и тако се формира структура моста, након чега следи амплификација (умножавање) фрагмената чиме се добијају кластери (велики број фрагмената-копија једног почетног фрагмента). Проточна ћелија се ставља у апарат за секвенцирање и додају јој се ДНК полимераза и флуоресцентно обојени терминатори—нуклеотиди који имају инактивирану 3'-OH групу што омогућава да након уградње ових нуклеотида полимераза не може да настави са додавањем нуклеотида (синтезом ланца) па се ласером у сваком циклусу детектује боја и тиме одговарајући нуклеотид.[43] Након сваке рунде се хемијском реакцијом уклања обележени терминатор и наставља са процесом секвенцирања.[44] Софтвер показује секвенцу сваког појединачног кластера.

Алтернативни приступ заснован је на хемији репликације ДНК. Ова технологија мери ослобађање јона водоника сваки пут када се угради база током полимеризације ДНК. Микробунар који садржи ДНК ланац за секвенцирање преплављен је једном врстом деоксирибонуклеотид трифосфата (dNTP). Ако је уведени dNTP комплементаран са темплејтом (секвенцом ДНК), биће уграђен у растући комплементарни ланац и ово узрокује ослобађање јона водоника који бележи јонски сензор.[45]

Асемблирање геномаУреди

Асемблирање генома се односи на поравнавање и спајање фрагмената једног много дужег низа ДНК у циљу реконструкције оригиналне секвенце.[7] Овај корак је потребан јер тренутна технологија секвенцирања ДНК не може читаве геноме читати као континуирану секвенцу, већ чита мале делове (низове) између 20 и 1000 база, зависно од технологије. Технологије секвенцирања треће генерације као што су PacBio или Oxford Nanopore омогућавају секвенцирање фрагмената дужине веће од 10 кб. Међутим, ове технике се одликују и високом стопом грешака од око 15 процената.[46][47] Кратки фрагменти се називају и reads.[7]

Асемблирање се може широко категоризирати у два приступа: де ново секвенцирање—код генома који нису слични ниједном геному секвенцираном у прошлости и упоредно (компаративно) асемблирање у ком се користи постојећи, раније очитан редослед секвенци код сродних организама.[48] Де ново асемблирање је далеко неповољнија метода, нарочито код кратких секвенци.  

Анотација геномаУреди

Познавање саме секвенце генома није довољно, па су потребне додатне анализе информација садржаних у геному.[7] Анотација генома је поступак везивања биолошких информација за секвенце и састоји се од три главна корака:[49]

  1. идентификовање делова генома који не кодирају протеине
  2. идентификовање елемената генома, процес који се назива предвиђање (предикција) гена и
  3. везивање биолошких информација за ове елементе.

Алати за аутоматско бележење покушавају да изврше ове кораке in silico, за разлику од ручне анотације—корака који укључује људску стручност и потенцијалну експерименталну верификацију.[50]  

Основни ниво анотације је коришћење БЛАСТ-а, алгоритма за проналажење сличности, а затим анотације генома на основу хомолога.[7] У новије време, додатне информације се додају на платформу за анотацију. Додатне информације омогућавају ручним анотаторима да отклоне неслагања између гена којима се даје иста анотација. Неке базе података користе информације о контексту генома, оцене сличности, експерименталне податке и интеграције других ресурса. Остале базе података (нпр. Енсембл) ослањају се на оба извора података, као и на низ софтверских алата за аутоматизовану анотацију генома.[51]

Структурна анотација се састоји од идентификације геномских елемената, пре свега ОРФ-ова (отворених оквира читања) и њихове локализације, или генске структуре. Функционална анотација састоји се од везивања биолошких информација за геномске елементе.

Потреба за поновљивошћу и ефикасним управљањем великом количином података повезаних са пројектима генома сведочи о томе да рачунари и информатика имају важну примену у геномици.[52]

Области истраживања геномикеУреди

Функционална геномикаУреди

Функционална геномика је поље молекуларне биологије које покушава да искористи огромно богатство података добијених током геномских пројеката (као што су пројекти секвенцирања генома) за описивање функција и интеракција гена (и протеина).[53] Фокусира се на динамичне аспекте као што су транскрипција гена, транслација и интеракције протеин-протеин. Функционална геномика покушава да одговори на питања о функцији ДНК на нивоима гена, РНК транскрипата и протеинских производа. Кључна карактеристика студија функционалне геномике је њихов приступ који углавном укључује високопропусне методе, а не традиционалнији приступ „ген по ген“.

Главна грана геномике и даље се бави секвенцирањем генома различитих организама, али знање о геномима створило је основу за област функционалне геномике, углавном због важности образаца експресије гена током различитих стања. Овде су најважнији алати микроелементи и биоинформатика.

Структурна геномикаУреди

 
Пример протеинске структуре коју је детерминисао Midwest Center.

Структурна геномика настоји да опише тродимензионалну структуру сваког протеина кодираног датим геномом.[54][55] Одређивање структуре се врши комбинацијом експерименталних приступа и приступа моделовања. Основна разлика између структурне геномике и традиционалних структурних предвиђања је у томе што структурна геномика покушава да одреди структуру сваког протеина кодираног геномом, уместо да се фокусира на један одређени протеин. Са доступним секвенцама потпуно очитаног генома, предвиђање структуре може се извршити брже комбинацијом експерименталних приступа и приступа моделовања, посебно зато што доступност великог броја секвенцираних генома и претходно детерминисаних протеинских структура омогућавају научницима да одреде структуру протеина на основу структура претходно детерминисаних хомолога. Структурна геномика укључује коришћење великог броја приступа одређивању структуре, укључујући експерименталне методе које користе геномске секвенце или приступе моделовању засноване на секвенци или структурној хомологији протеина познате структуре или засноване на хемијским и физичким принципима за протеин без хомологије. За разлику од традиционалне структурне биологије, одређивање структуре протеина кроз структурни геномички приступ често (али не увек) претходи информацијама о функцији тог протеина. Ово поставља нове изазове у структурној биоинформатици, односно одређивању функције протеина на основу њене очитане 3D структуре.[56]

ЕпигеномикаУреди

Епигеномика проучава скуп епигенетских модификација генетског материјала ћелије, познатог као епигеном. Епигенетске модификације су реверзибилне модификације ћелијске ДНК или хистона које утичу на експресију гена без промене саме секвенце ДНК.[57] Најкарактеристичније епигенетске модификације су метилација ДНК и модификација хистона. Епигенетске модификације играју важну улогу у експресији и регулацији гена и укључене су у бројне ћелијске процесе као што су диференцијација/развој и туморигенеза.[58] Проучавање епигенетике на глобалном нивоу омогућено је тек недавно и то адаптацијом геномских високопропусних тестова.[59]

МетагеномикаУреди

Метагеномика се бави проучавањем метагенома, генетског материјала који се добија директно из узорака околине. Ова област се такође може назвати геномиком животне средине, екогеномиком или геномиком заједнице. Док се традиционална микробиологија и микробно секвенцирање ослањају на култивисане клонске културе, рано секвенцирање гена из околине клонирало је специфичне гене (често 16S rRNK ген) да би се добио профил разноликости у природном узорку. То је довело до открића да је велика већина микробиолошке разноликости пропуштена методама заснованим на култивацији.[60] У недавним студијама коришћени су Сангерово секвенцирање или масовно паралелно пиросеквенцирање да би се добили узорци свих гена, свих чланова узоркованих заједница.[61] Због своје могућности да открије претходно скривену разноликост микроскопског живота, метагеномика омогућава посматрање микробног света. Све то доводи до потенцијалне промене у разумевању читавог живог света.[62][63]  

Примене геномикеУреди

Геномика је нашла своју примену у многим областима, укључујући медицину, биотехнологију, антропологију (као и друге друштвене науке) итд.[64]

Геномска медицинаУреди

Геномске технологије нове генерације (енгл. NGS) омогућавају медицинарима и биомедицинским истраживачима да драстично повећају количину геномских података коју прикупњају током студија на великој популацији.[65] У комбинацији са новим информатичким приступима који интегришу многе врсте података са геномским подацима у истраживањима болести, истраживачима је омогућено да боље разумеју генетске основе одговора пацијената на терапије, лекове и болести.[66][67] Рани напори за примену геномике у области медицине су потекли из Станфордовог тима који је водио Еан Ешли, који је развио прве алате за медицинску интерпретацију људског генома.[68][69][70]

Синтетичка биологија и биоинжењерингУреди

Пораст знања из области геномике омогућио је све софистицираније примене синтетичке биологије.[71] Године 2010. истраживачи са Института J. Craig Venter најавили су креирање делимично синтетичке врсте бактерија, Mycoplasma laboratorium, изведене из генома Mycoplasma genitalium.[72]

Популациона и конзервациона геномикаУреди

Популациона геномика је поље истраживања где се методе геномског секвенцирања користе за вршење опсежних поређења секвенци ДНК међу популацијама—изван граница генетичких маркера који се традиционално користе у популационој генетици. Популациона геномика проучава ефекте на цео геном како би побољшала наше разумевање микроеволуције, а све у циљу разумевања филогенетске историје и демографије популације.[73] Методе популационе геномике користе се у различитим областима, укључујући еволуциону биологију, екологију, биогеографију, биологију очувања (конзервације) и управљање рибарством.

Слично томе, пејзажна геномика развила се од пејзажне генетике и обухвата употребу геномских метода за идентификовање односа између образаца еколошких и генетских варијација.

Истраживачи из области заштите природе могу користити информације прикупљене геномским секвенцирањем како би боље проценили генетске факторе кључне за очување врста, попут генетске разноликости популације или да ли је појединац хетерозиготан за генетиски поремећај који се рецесивно наслеђује.[74] Коришћењем геномских података за процену ефеката еволуционих процеса и откривање образаца промена у датој популацији, конзерватори могу да формулишу планове за помоћ датој врсти без употребе варијабли које су непознате, а које се користе у стандардним приступима.[75]

Види јошУреди

РеференцеУреди

  1. ^ Савић Павићевић, Душанка; Матић, Гордана (2020). Молекуларна биологија 1 (2 изд.). Београд: NNK INTERNATIONAL. стр. 57. ISBN 9788661570889. 
  2. ^ „WHO definitions of genetics and genomics”. World Health Organization. 
  3. ^ Стевановић, М. 2016, стр. 108
  4. ^ Concepts of genetics. William S. Klug (10th ed изд.). San Francisco: Pearson Education. 2012. ISBN 978-0-321-72412-0. OCLC 747232752. 
  5. ^ Genetics. Richard Robinson. New York: Macmillan Reference USA. 2003. ISBN 0-02-865890-6. OCLC 55983868. 
  6. ^ Kadakkuzha, Beena M.; Puthanveettil, Sathyanarayanan V. (јул 2013). „Genomics and proteomics in solving brain complexity”. Molecular bioSystems. 9 (7): 1807—1821. ISSN 1742-206X. PMC 6425491  . PMID 23615871. doi:10.1039/c3mb25391k. 
  7. ^ а б в г д ђ е ж з Pevsner, Jonathan (2009). Bioinformatics and functional genomics (2nd ed изд.). Hoboken, N.J.: Wiley-Blackwell. ISBN 978-0-470-08585-1. OCLC 253189041. 
  8. ^ Liddell, Henry George; Scott, Robert (2013). Intermediate Greek-English Lexicon. Martino Fine Books. ISBN 978-1-61427-397-4. 
  9. ^ "Genome, n". Oxford English Dictionary (Third ed.). Oxford University Press. 2008. Retrieved 2012-12-01
  10. ^ Yadav, Satya P. (децембар 2007). „The Wholeness in Suffix -omics, -omes, and the Word Om”. Journal of Biomolecular Techniques : JBT. 18 (5): 277. ISSN 1524-0215. PMC 2392988  . PMID 18166670. 
  11. ^ Tamarin, Robert H. (2004). Principles of genetics (7th ed изд.). Boston: McGraw-Hill. ISBN 978-0-07-124320-9. OCLC 949283348. 
  12. ^ Sanger F (1980). "Nobel lecture: Determination of nucleotide sequences in DNA" (PDF). Nobelprize.org. Retrieved 2010-10-18.
  13. ^ а б Sanger, F.; Air, G. M.; Barrell, B. G.; Brown, N. L.; Coulson, A. R.; Fiddes, J. C.; Hutchison, C. A.; Slocombe, P. M.; Smith, M. (фебруар 1977). „Nucleotide sequence of bacteriophage φX174 DNA”. Nature (на језику: енглески). 265 (5596): 687—695. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/265687a0. 
  14. ^ „Whole genome shotgun sequencing guided by bioinformatics pipelines—an optimized approach for an established technique”. Journal of Biotechnology (на језику: енглески). 106 (2-3): 121—133. 2003-12-19. ISSN 0168-1656. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.008. 
  15. ^ Sanger, F.; Nicklen, S.; Coulson, A. R. (децембар 1977). „DNA sequencing with chain-terminating inhibitors”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (12): 5463—5467. ISSN 0027-8424. PMID 271968. 
  16. ^ Anderson, S.; Bankier, A. T.; Barrell, B. G.; de Bruijn, M. H. L.; Coulson, A. R.; Drouin, J.; Eperon, I. C.; Nierlich, D. P.; Roe, B. A. (април 1981). „Sequence and organization of the human mitochondrial genome”. Nature (на језику: енглески). 290 (5806): 457—465. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/290457a0. 
  17. ^ Shinozaki, K.; Ohme, M.; Tanaka, M.; Wakasugi, T.; Hayashida, N.; Matsubayashi, T.; Zaita, N.; Chunwongse, J.; Obokata, J. (септембар 1986). „The complete nucleotide sequence of the tobacco chloroplast genome: its gene organization and expression”. The EMBO Journal. 5 (9): 2043—2049. ISSN 0261-4189. PMC 1167080  . PMID 16453699. 
  18. ^ Ohyama, Kanji; Fukuzawa, Hideya; Kohchi, Takayuki; Shirai, Hiromasa; Sano, Tohru; Sano, Satoshi; Umesono, Kazuhiko; Shiki, Yasuhiko; Takeuchi, Masayuki (август 1986). „Chloroplast gene organization deduced from complete sequence of liverwort Marchantia polymorpha chloroplast DNA”. Nature (на језику: енглески). 322 (6079): 572—574. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/322572a0. 
  19. ^ Oliver, S. G.; van der Aart, Q. J. M.; Agostoni-Carbone, M. L.; Aigle, M.; Alberghina, L.; Alexandraki, D.; Antoine, G.; Anwar, R.; Ballesta, J. P. G. (мај 1992). „The complete DNA sequence of yeast chromosome III”. Nature (на језику: енглески). 357 (6373): 38—46. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/357038a0. 
  20. ^ Fleischmann, R. D.; Adams, M. D.; White, O.; Clayton, R. A.; Kirkness, E. F.; Kerlavage, A. R.; Bult, C. J.; Tomb, J. F.; Dougherty, B. A. (1995-07-28). „Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd”. Science (на језику: енглески). 269 (5223): 496—512. ISSN 0036-8075. PMID 7542800. doi:10.1126/science.7542800. 
  21. ^ Goffeau, A.; Barrell, B. G.; Bussey, H.; Davis, R. W.; Dujon, B.; Feldmann, H.; Galibert, F.; Hoheisel, J. D.; Jacq, C. (1996-10-25). „Life with 6000 Genes”. Science (на језику: енглески). 274 (5287): 546—567. ISSN 0036-8075. PMID 8849441. doi:10.1126/science.274.5287.546. 
  22. ^ Zimmer, Carl (2009-12-28). „Scientists Start a Genomic Catalog of Earth’s Abundant Microbes”. The New York Times (на језику: енглески). ISSN 0362-4331. Приступљено 2021-06-01. 
  23. ^ Wu, Dongying; Hugenholtz, Philip; Mavromatis, Konstantinos; Pukall, Rüdiger; Dalin, Eileen; Ivanova, Natalia N.; Kunin, Victor; Goodwin, Lynne; Wu, Martin (2009-12-24). „A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea”. Nature. 462 (7276): 1056—1060. ISSN 0028-0836. PMC 3073058  . PMID 20033048. doi:10.1038/nature08656. 
  24. ^ „Dog Genome Assembled”. Genome.gov (на језику: енглески). Приступљено 2021-06-01. 
  25. ^ Darden L, James Tabery (2010). "Molecular Biology". In Zalta EN (ed.). The Stanford Encyclopedia of Philosophy (Fall 2010 ed.).
  26. ^ а б McElheny, Victor K. (2010). Drawing the map of life : inside the Human Genome Project. New York, NY: Basic Books. ISBN 978-0-465-04333-0. OCLC 435418566. 
  27. ^ „An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes”. Nature. 491 (7422): 56—65. 2012-11-01. ISSN 0028-0836. PMC 3498066  . PMID 23128226. doi:10.1038/nature11632. 
  28. ^ Nielsen, Rasmus (октобар 2010). „In search of rare human variants”. Nature (на језику: енглески). 467 (7319): 1050—1051. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/4671050a. 
  29. ^ а б Стевановић, М. 2016, стр. 142-144
  30. ^ Baker M (14 September 2012). "Benchtop sequencers ship off" (Blog). Nature News Blog. Retrieved 2012-12-22.
  31. ^ Quail, Michael A; Smith, Miriam; Coupland, Paul; Otto, Thomas D; Harris, Simon R; Connor, Thomas R; Bertoni, Anna; Swerdlow, Harold P; Gu, Yong (2012-07-24). „A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers”. BMC Genomics. 13: 341. ISSN 1471-2164. PMC 3431227  . PMID 22827831. doi:10.1186/1471-2164-13-341. 
  32. ^ а б Staden, R (1979-06-11). „A strategy of DNA sequencing employing computer programs.”. Nucleic Acids Research. 6 (7): 2601—2610. ISSN 0305-1048. PMID 461197. 
  33. ^ а б Стевановић, М. 2016, стр. 125-126
  34. ^ Anderson, S (1981-07-10). „Shotgun DNA sequencing using cloned DNase I-generated fragments.”. Nucleic Acids Research. 9 (13): 3015—3027. ISSN 0305-1048. PMID 6269069. 
  35. ^ „A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase”. Journal of Molecular Biology (на језику: енглески). 94 (3): 441—448. 1975-05-25. ISSN 0022-2836. doi:10.1016/0022-2836(75)90213-2. 
  36. ^ Illumina, Inc. (28 February 2012). An Introduction to Next-Generation Sequencing Technology (PDF). San Diego, California, USA: Illumina, Inc. p. 12. Retrieved 2012-12-28.
  37. ^ Mavromatis, Konstantinos; Land, Miriam L.; Brettin, Thomas S.; Quest, Daniel J.; Copeland, Alex; Clum, Alicia; Goodwin, Lynne; Woyke, Tanja; Lapidus, Alla (2012-12-12). „The Fast Changing Landscape of Sequencing Technologies and Their Impact on Microbial Genome Assemblies and Annotation”. PLoS ONE. 7 (12). ISSN 1932-6203. PMC 3520994  . PMID 23251337. doi:10.1371/journal.pone.0048837. 
  38. ^ Hall, Neil (2007-05-01). „Advanced sequencing technologies and their wider impact in microbiology”. Journal of Experimental Biology. 210 (9): 1518—1525. ISSN 0022-0949. doi:10.1242/jeb.001370. 
  39. ^ „Genomes for All”. Scientific American (на језику: енглески). doi:10.1038/scientificamerican0106-46. Приступљено 2021-06-01. 
  40. ^ ten Bosch, John R.; Grody, Wayne W. (новембар 2008). „Keeping Up With the Next Generation”. The Journal of Molecular Diagnostics : JMD. 10 (6): 484—492. ISSN 1525-1578. PMC 2570630  . PMID 18832462. doi:10.2353/jmoldx.2008.080027. 
  41. ^ Tucker, Tracy; Marra, Marco; Friedman, Jan M. (2009-08-14). „Massively Parallel Sequencing: The Next Big Thing in Genetic Medicine”. American Journal of Human Genetics. 85 (2): 142—154. ISSN 0002-9297. PMC 2725244  . PMID 19679224. doi:10.1016/j.ajhg.2009.06.022. 
  42. ^ Kawashima EH, Farinelli L, Mayer P (12 May 2005). "Method of nucleic acid amplification". Retrieved 2012-12-22.
  43. ^ Стевановић, М. 2016, стр. 127
  44. ^ „Wayback Machine” (PDF). web.archive.org. 2013-05-18. Приступљено 2021-06-01. 
  45. ^ „Powering Preventative Medicine”. Bio-IT World (September–October). 2011. Архивирано из оригинала на датум 06. 06. 2016. Приступљено 29. 05. 2021. 
  46. ^ https://www.pacb.com/
  47. ^ „Oxford Nanopore Technologies”. 
  48. ^ Pop, Mihai (јул 2009). „Genome assembly reborn: recent computational challenges”. Briefings in Bioinformatics. 10 (4): 354—366. ISSN 1467-5463. PMC 2691937  . PMID 19482960. doi:10.1093/bib/bbp026. 
  49. ^ Stein, Lincoln (јул 2001). „Genome annotation: from sequence to biology”. Nature Reviews Genetics (на језику: енглески). 2 (7): 493—503. ISSN 1471-0064. doi:10.1038/35080529. 
  50. ^ „Wayback Machine” (PDF). web.archive.org. 2013-05-29. Приступљено 2021-06-01. 
  51. ^ Flicek, Paul; Ahmed, Ikhlak; Amode, M. Ridwan; Barrell, Daniel; Beal, Kathryn; Brent, Simon; Carvalho-Silva, Denise; Clapham, Peter; Coates, Guy (2012-11-30). „Ensembl 2013”. Nucleic Acids Research. 41 (D1): D48—D55. ISSN 0305-1048. PMC 3531136  . PMID 23203987. doi:10.1093/nar/gks1236. 
  52. ^ Keith, Jonathan M., ур. (2008). „Bioinformatics”. Methods in Molecular Biology™ (на језику: енглески). ISSN 1064-3745. doi:10.1007/978-1-60327-429-6. 
  53. ^ Gibson G, Muse SV. A primer of genome science (3rd ed.). Sunderland, MA: Sinauer Associates.
  54. ^ Marsden, Russell L; Lewis, Tony A; Orengo, Christine A (2007-03-09). „Towards a comprehensive structural coverage of completed genomes: a structural genomics viewpoint”. BMC Bioinformatics. 8: 86. ISSN 1471-2105. PMC 1829165  . PMID 17349043. doi:10.1186/1471-2105-8-86. 
  55. ^ Brenner, S. E.; Levitt, M. (јануар 2000). „Expectations from structural genomics.”. Protein Science : A Publication of the Protein Society. 9 (1): 197—200. ISSN 0961-8368. PMC 2144435  . PMID 10739263. 
  56. ^ Brenner SE (October 2001). "A tour of structural genomics" (PDF). Nature Reviews. Genetics. 2 (10): 801–9. doi:10.1038/35093574. PMID 11584296. S2CID 5656447.
  57. ^ Russell 2010 стр. 475
  58. ^ Francis, Richard C. (2011). Epigenetics : the ultimate mystery of inheritance (1st ed изд.). New York: W.W. Norton. ISBN 978-0-393-07005-7. OCLC 601107590. 
  59. ^ Laird, Peter W. (март 2010). „Principles and challenges of genome-wide DNA methylation analysis”. Nature Reviews Genetics (на језику: енглески). 11 (3): 191—203. ISSN 1471-0064. doi:10.1038/nrg2732. 
  60. ^ Hugenholtz, Philip; Goebel, Brett M.; Pace, Norman R. (септембар 1998). „Impact of Culture-Independent Studies on the Emerging Phylogenetic View of Bacterial Diversity”. Journal of Bacteriology. 180 (18): 4765—4774. ISSN 0021-9193. PMID 9733676. 
  61. ^ Eisen, Jonathan A (март 2007). „Environmental Shotgun Sequencing: Its Potential and Challenges for Studying the Hidden World of Microbes”. PLoS Biology. 5 (3). ISSN 1544-9173. PMC 1821061  . PMID 17355177. doi:10.1371/journal.pbio.0050082. 
  62. ^ Metagenomics : theory, methods, and applications. Diana Marco. Wymondham: Caister Academic Press. 2010. ISBN 978-1-904455-54-7. OCLC 351318426. 
  63. ^ Metagenomics : current innovations and future trends. Diana Marco. Norfolk, UK: Caister Academic Press. 2011. ISBN 978-1-904455-87-5. OCLC 707229125. 
  64. ^ Barnes, Barry (2008). Genomes and what to make of them. John Dupré. Chicago: University of Chicago Press. ISBN 978-0-226-17296-5. OCLC 435816715. 
  65. ^ Hudson, Kathy L. (14. 09. 2011). „Genomics, Health Care, and Society” (на језику: енглески). doi:10.1056/nejmra1010517. Приступљено 06. 02. 2021. 
  66. ^ O'Donnell, Christopher J.; Nabel, Elizabeth G. (2011-11-30). „Genomics of Cardiovascular Disease” (на језику: енглески). doi:10.1056/nejmra1105239. Приступљено 2021-06-02. 
  67. ^ Lu, Yi-Fan; Goldstein, David B.; Angrist, Misha; Cavalleri, Gianpiero (септембар 2014). „Personalized Medicine and Human Genetic Diversity”. Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine. 4 (9). ISSN 2157-1422. PMC 4143101  . PMID 25059740. doi:10.1101/cshperspect.a008581. 
  68. ^ Ashley, Euan A.; Butte, Atul J.; Wheeler, Matthew T.; Chen, Rong; Klein, Teri E.; Dewey, Frederick E.; Dudley, Joel T.; Ormond, Kelly E.; Pavlovic, Aleksandra (2010-05-01). „Clinical evaluation incorporating a personal genome”. Lancet. 375 (9725): 1525—1535. ISSN 0140-6736. PMC 2937184  . PMID 20435227. doi:10.1016/S0140-6736(10)60452-7. 
  69. ^ Dewey, Frederick E.; Chen, Rong; Cordero, Sergio P.; Ormond, Kelly E.; Caleshu, Colleen; Karczewski, Konrad J.; Whirl-Carrillo, Michelle; Wheeler, Matthew T.; Dudley, Joel T. (2011-09-15). „Phased Whole-Genome Genetic Risk in a Family Quartet Using a Major Allele Reference Sequence”. PLoS Genetics. 7 (9). ISSN 1553-7390. PMC 3174201  . PMID 21935354. doi:10.1371/journal.pgen.1002280. 
  70. ^ Dewey, Frederick E.; Grove, Megan E.; Pan, Cuiping; Goldstein, Benjamin A.; Bernstein, Jonathan A.; Chaib, Hassan; Merker, Jason D.; Goldfeder, Rachel L.; Enns, Gregory M. (2014-03-12). „Clinical Interpretation and Implications of Whole-Genome Sequencing”. JAMA : the journal of the American Medical Association. 311 (10): 1035—1045. ISSN 0098-7484. PMC 4119063  . PMID 24618965. doi:10.1001/jama.2014.1717. 
  71. ^ Church, George M. (2012). Regenesis : how synthetic biology will reinvent nature and ourselves. Edward Regis. New York: Basic Books. ISBN 978-0-465-02175-8. OCLC 795575088. 
  72. ^ Baker, Monya (мај 2011). „The next step for the synthetic genome”. Nature (на језику: енглески). 473 (7347): 403—408. ISSN 1476-4687. doi:10.1038/473403a. 
  73. ^ Luikart, G.; England, P. R.; Tallmon, D.; Jordan S.; Taberlet P. (2003). "The Power and Promise of Population Genomics: From Genotyping to Genome Typing". Nature Reviews (4): 981-994
  74. ^ Frankham, Richard (1. 9. 2010). „Challenges and opportunities of genetic approaches to biological conservation”. Biological Conservation. 143 (9): 1922—1923. doi:10.1016/j.biocon.2010.05.011. 
  75. ^ „Genomics and the future of conservation genetics”. Nature Reviews. Genetics. 11 (10): 697—709. октобар 2010. PMID 20847747. doi:10.1038/nrg2844. 

ЛитератураУреди

  • Стевановић, Милена (2016). Основи манипулисања генима. Београд: Биолошки факултет Универзитета у Београду. стр.125—144.
  • Lesk AM (2017). Introduction to Genomics (3rd ed.). New York: Oxford University Press. p. 544. ISBN 978-0-19-107085-3. ASIN 0198754833

Спољашње везеУреди

Преузето из „https://sr.wikipedia.org/w/index.php?title=Геномика&oldid=24413528”